Formalnie wszczęte śledztwo dotyczy zniknięcia „dwóch kulistych przedmiotów”, znalezionych w czaszce Pyjasa podczas ekshumacji. Zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa w tej sprawie złożyła do prokuratury siostrzenica zmarłego Agnieszka Przybysz.
Jak twierdzi, dwa kuliste przedmioty, znalezione 20 kwietnia w trakcie ekshumacji tam, gdzie był mózg Stanisława Pyjasa, zostały sfotografowane. Ale w trakcie oględzin szczątków w Zakładzie Medycyny Sądowej we Wrocławiu już ich nie było.
Według siostrzenicy Stanisława Pyjasa w protokole ze szczegółowych oględzin szczątków w tym Zakładzie pominięto też „metalicznie zabarwione ślady wewnątrz czaszki".
Ciało Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy w Krakowie. Jego przyjaciele są przekonani, że winę za jego śmierć ponosi Służba Bezpieczeństwa. Obecne śledztwo IPN to już piąte postępowanie mające wyjaśnić tę tragedię. Prowadzący je prokurator Ireneusz Kunert ma nadzieję, że opinia biegłych, m.in. na temat obrażeń Pyjasa, która ma być gotowa za kilka tygodni, pomoże w ustaleniu prawdy sprzed lat.
