Heinrich Alois Müller urodził się 28 kwietnia 1900 r. w Monachium. Był jedynym dzieckiem urzędnika administracji i żandarmerii Aloisa Antona Müllera i Anny Müller z domu Schrandl. Wychowywany w surowej, katolickiej atmosferze domu rodzinnego, uczęszczał do szkół powszechnych w Ingolstadt, Schrobenhausen i Krumbach. W dokumentach szkolnych był określany jako uczeń zdolny, inteligentny i wyrastający ponad przeciętność. Nauczyciele podkreślali, że interesował się głównie sprawami technicznymi. Z tego powodu 14-letni Heinrich został zatrudniony jako monter samolotowy w firmie Bayerische Flugzeugwerke w Monachium.