Zmodyfikowane logo muzeum zawiera znak powstały z połączenia dwóch liter „p" - z alfabetu łacińskiego i alfabetu hebrajskiego. Obok niego widnieje nazwa muzeum, a nad nim słowo Polin, nawiązujące do legendy opowiadającej o osiedleniu pierwszych Żydów na terenie Polski.
Żydowscy osadnicy pojawili się tu już w średniowieczu, uciekając przed prześladowaniami. Gdy trafili na polskie ziemie, mieli usłyszeć głos z nieba mówiący „Po-lin". Po hebrajsku „po" oznacza „tutaj", a „lin" – „odpoczniesz". Postanowili tu pozostać i nazwać nowy dom Polin. Po hebrajsku i w jidysz słowo to oznacza zarazem „Polskę".
Dyrektor muzeum prof. Dariusz Stola, prezentując logo na czwartkowej konferencji prasowej powiedział: - Myślę, że słowo Polin najlepiej oddaje ideę tego muzeum i chciałbym, żeby kojarzyło się z tym miejscem, by używając nazwy „Muzeum Polin" każdy wiedział, że chodzi o Muzeum Historii Żydów Polskich. Jednocześnie przypomniał, że słowo Polin pojawia się też w architekturze muzeum (na przeszklonych ścianach) oraz jest przewodnim motywem wystawy stałej. Minimalistyczny w formie logotyp zaprojektowała pro bono znana polska agencja reklamowa Przybora Zaniewski Ltd. (PZL). Wzór czcionki bazuje na pierwszej nowoczesnej czcionce hebrajskiej stworzonej w 1929 roku przez polsko-żydowskiego grafika Jan Le Witt a, współautora ilustracji do wierszy Juliana Tuwima.
Multimedialną Galerię Las zaprojektowały dwie firmy Bed Design i 180 Heartbeats. Instalacja jest bardzo sugestywna. Na szklanych gigantycznych ekranach widać drzewa naturalnej wielkości, a wśród nich „przepływają" słowa legendy Polin w języku polskim, hebrajskim i angielskim. Głosy niewidocznych ptaków dźwięczą w przestrzeni ponad głowami.
– Cieszymy się, że udało się nam stworzyć projekt współgrający z architekturą, który zdobył uznanie architekta budynku Rainera Mahlamäkiego – mówi „Rz" Kuba Tkaczyk z Bed Design.
