To morderstwo stało się wymownym symbolem nowego ustroju, który dotarł nad Wisłę wraz z sowieckimi czołgami.
Czy do tej śmierci musiało dojść? W 1946 r. Pilecki dostał rozkaz jak najszybszego opuszczenia Polski i ucieczki na Zachód, aby uniknąć aresztowania. Czemu tego nie uczynił, skoro był świadomy, że Polska zamieniła się w sowiecką kolonię? Niektóre źródła podają, iż winę ponosiła jego żona Maria Pilecka, która zdecydowanie odmówiła wyjazdu z kraju razem z dziećmi. Inna wersja mówi, że rotmistrz nie miał komu przekazać swoich obowiązków. Być może nie zwlekałby z ucieczką, gdyby wiedział, że ubecy już depczą po piętach jego współpracownikom.
Aresztowano go 8 maja 1947 r. w mieszkaniu państwa Sieradzkich przy ul. Pańskiej w Warszawie. W więzieniu na Rakowieckiej wpadł w łapy sadysty Eugeniusza Chimczaka, który – jak relacjonował ks. Antoni Czajkowski – wyrywał bohaterowi polskiego podziemia paznokcie z dłoni i stóp, miażdżył jądra i nabijał na nogę od stołka. Pilecki został oskarżony o zorganizowanie na terenie Polski sieci wywiadowczej na rzecz gen. Andersa i przygotowywanie tzw. likwidacji mózgów MBP – zamachu na wyższych rangą pracowników Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego.
Tylko ta druga część oskarżenia budzi kontrowersje. Pilecki i jego współpracownicy faktycznie mieli bowiem za zadanie stworzenie sieci wywiadowczej w Polsce Ludowej. Już w kwietniu 1944 r. Komenda Główna AK utworzyła organizację dywersyjną NIE, której zadaniem była budowa wywiadu i kontrwywiadu Armii Krajowej na obszarach zajętych przez Armię Czerwoną. Członkowie tej organizacji mieli jednak unikać bezpośredniej walki zbrojnej z Sowietami i polskimi komunistami.
Po przyjeździe do Warszawy w grudniu 1945 r. Pilecki zorientował się, że NIE całkowicie się rozpadła. Miasto było jedną wielką ruiną, a dawni przyjaciele i znajomi albo nie żyli, albo nie chcieli kontynuować działalności konspiracyjnej. Należało opracować nową strukturę i metodę działań siatki wywiadowczej. We wrześniu 1946 r. Pilecki poznał dwóch byłych żołnierzy AK – Tadeusza L. Płużańskiego (ps. Tadeusz Radwan) oraz członka siatki wywiadowczej Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj Leszka Kuchcińskiego. Ten drugi okazał się konfidentem, którego MBP wyznaczyło do rozpracowania siatki Pileckiego i przygotowania kompromitującego „Raportu Brzeszczota” – sprawozdania, w którym Kuchciński zawarł sugestię o konieczności przeprowadzenia „likwidacji mózgów MBP”, w tym między innymi: dyrektor Departamentu V MBP Julii Brystygierowej, kierownika Wydziału IV MBP Józefa Różańskiego i zastępcy dyrektora Departamentu I MBP Józefa Czaplickiego (wł. Izydora Kurca). Na podstawie „Raporta Brzeszczota” oraz zeznania Tadeusza Płużańskiego (zapewne wymuszonego potwornymi torturami przez trzech stalinowskich oprawców: Różańskiego, Chimczaka i Humera) prokurator mógł oskarżyć uczestników tzw. Grupy Witolda o „działalność bandycką”.
