Po 17 września 1939 Czapski dostał się do sowieckiej niewoli, z której wydostał się na mocy układu Sikorski-Majski. Trafił do powstającej w Związku Sowieckim Armii Polskiej. Na polecenie gen. Andersa podróżował po Rosji, szukając zaginionych, a jak się okaże później, wiosną 1943 – rozstrzelanych oficerów. Doświadczenia te opisał w książkach „Wspomnienia starobielskie" i „Na nieludzkiej ziemi".
– Czapski obnażył istotę systemu sowieckiego, która sprowadzała się nie tyle do zabijania, ile do towarzyszącego zbrodni kłamstwa – mówi prof. Rafał Habielski, historyk z Uniwersytetu Warszawskiego. – Dotarł do wysokich rangą oficerów NKWD, którzy rozmawiali z nim na Łubiance twarzą w twarz, kłamiąc, że nic nie wiedzą. Tak rozpoczęła się historia kłamstwa katyńskiego – dodaje historyk.