Wyrokiem krakowskiego sądu grodzkiego Matatiasz został skazany „na publiczne a wyszukane męki, a potem na spalenie żywcem na rynku krakowskim" za obrazę Matki Boskiej podczas kłótni z włoskim księdzem Serwacym Hebellim, duszpasterzem z krakowskiego kościoła św. Wojciecha. Zrozpaczona rodzina żydowskiego lekarza, wykorzystując jego koneksje na dworze królewskim, wywalczyła odwołanie od wyroku sądu grodzkiego do Trybunału Głównego Koronnego w Piotrkowie. Apelacja okazała się jednak błędem. Sąd królewski, będący również najwyższym sądem odwoławczym, uznał Matatiasza Kalahorę za bluźniercę i do wyroku dorzucił inne, jeszcze bardziej wyszukane tortury. Kiedy Kalahora skonał na rynku krakowskim, jego zwłok nie wydano rodzinie, ale zawleczono je na stos i spalono. Popiół nabito w armatę i wystrzelono na „cztery strony świata", aby nie pozostał po nim żaden ślad. Pozostał jednak w pamięci mieszkańców miasta. Świadkowie kaźni nie byli w stanie zapomnieć przeszywającego ich serca krzyku konającego nieszczęśnika.