Podziemna ekspozycja usytuowana jest w kopalni na głębokości 135 m, a naziemna w znajdującym się w pobliżu Zamku Żupnym, siedzibie zarządu salin od końca XIII w. do 1945 r. Po II wojnie światowej, w 1949 r., ówczesna dyrekcja wielickiej kopalni postanowiła zlikwidować nieczynne kopalniane wyrobiska. Na szczęście założyciel Muzeum – Alfons Długosz, artysta malarz, profesor gimnazjum wielickiego – wraz z towarzyszącymi mu górnikami przemierzył wówczas dziesiątki kilometrów zapomnianych wyrobisk w poszukiwaniu starych narzędzi, maszyn górniczych oraz okazów geologicznych – w tym kryształów i skamielin. Dzięki temu 2 grudnia 1951 r. z zebranych obiektów zorganizowano wystawę w komorze „Warszawa". Zabytków było tak dużo, że nie wszystkie zdołano wyeksponować na tak małej przestrzeni. Długosz pozyskał więc 14 nowych wyrobisk, gdzie w latach 1958–1966 udało się stworzyć ciekawą i rozbudowaną ekspozycję. W efekcie powstała z pasji w pełni samodzielna i nowoczesna, jak na ówczesne czasy, placówka muzealna.
Czytaj także:
Kolejnym ważnym etapem rozwoju muzeum było wykonanie pełnej inwentaryzacji naukowej wyrobisk górniczych w kopalniach Wieliczki i Bochni (badania prowadzone są od 1976 r. i stale wznawiane we współpracy z obu kopalniami). Dzięki temu muzeum zyskało doskonały materiał źródłowy do projektowania prac konserwatorskich w obydwu obiektach górniczych. – Zgromadzone w trakcie badań materiały stanowiły podstawową dokumentację historyczną, przedstawioną przez muzeum do wpisania kopalni wielickiej na Pierwszą Międzynarodową Listę Dziedzictwa Kulturowego i Przyrodniczego UNESCO już w 1978 r. – mówi dr Barbara Konwerska, zastępca dyrektora ds. naukowo-badawczych MŻK Wieliczka.
Istotne znaczenie dla rozwoju muzeum miało odrestaurowanie w latach 1976–1996 Zamku Żupnego (uszkodzonego przez lotnictwo radzieckie w czasie II wojny światowej), co pozwoliło na zorganizowanie naziemnej części placówki. W kompleksie zamkowym umieszczono siedzibę muzeum wraz z salami wystawowymi o powierzchni ok. 500 mkw., pracowniami naukowymi i konserwatorskimi oraz magazynami zbiorów. Kilkadziesiąt lat później muzeum współuczestniczyło w staraniach o rozszerzenie wpisu na listę UNESCO o kopalnie soli w Bochni i Zamek Żupny. W efekcie w 2013 r. Zamek Żupny wraz z kopalnią soli w Bochni został dopisany na listę, tworząc, łącznie z kopalnią w Wieliczce nowy wpis: „Królewskie kopalnie soli w Wieliczce i Bochni".
