Podziemna ekspozycja usytuowana jest w kopalni na głębokości 135 m, a naziemna w znajdującym się w pobliżu Zamku Żupnym, siedzibie zarządu salin od końca XIII w. do 1945 r. Po II wojnie światowej, w 1949 r., ówczesna dyrekcja wielickiej kopalni postanowiła zlikwidować nieczynne kopalniane wyrobiska. Na szczęście założyciel Muzeum – Alfons Długosz, artysta malarz, profesor gimnazjum wielickiego – wraz z towarzyszącymi mu górnikami przemierzył wówczas dziesiątki kilometrów zapomnianych wyrobisk w poszukiwaniu starych narzędzi, maszyn górniczych oraz okazów geologicznych – w tym kryształów i skamielin. Dzięki temu 2 grudnia 1951 r. z zebranych obiektów zorganizowano wystawę w komorze „Warszawa". Zabytków było tak dużo, że nie wszystkie zdołano wyeksponować na tak małej przestrzeni. Długosz pozyskał więc 14 nowych wyrobisk, gdzie w latach 1958–1966 udało się stworzyć ciekawą i rozbudowaną ekspozycję. W efekcie powstała z pasji w pełni samodzielna i nowoczesna, jak na ówczesne czasy, placówka muzealna.