Cesarz Henryk IV w swych listach wzywał wodzów krucjaty, by zapobiegali ewentualnym antyżydowskim ekscesom. Swoją rolę w budowaniu atmosfery zagrożenia i terroru odgrywali właśnie przywódcy wojsk krucjatowych. Umiejętnie strasząc wspólnoty wizjami pogromów dokonywanych przez zrewoltowanych uczestników wyprawy, wyciągali od nich pokaźne okupy w zamian za opiekę i powstrzymanie pogromów.
To igranie z ogniem antysemityzmu skończyło się tragicznie. W maju i czerwcu 1096 r. przez Nadrenię przeszły trzy oddziały z Niemiec zdążające na krucjatę (tzw. krucjata niemiecka). Dowodzili nimi bliżej nieznany Volkmar, Gotszalk oraz hrabia Emich von Leisingen. Ich „dokonania” są określane przez niektórych historyków jako pierwszy Holokaust.
Do pierwszego pogromu doszło 3 maja w Spirze, gdzie ludzie Emicha zaatakowali miejscowych Żydów. Ci jednak w zdecydowanej większości uszli cało, chroniąc się pod opiekę biskupa Jana, miejscowego hierarchy. Z rąk napastników padło jednak dwunastu Żydów, którzy odmówili wyrzeczenia się wiary i przejścia na chrześcijaństwo. Dzielnica żydowska została spustoszona i doszczętnie ograbiona. Biskupowi Janowi udało się później pochwycić kilku napastników i skazać na obcięcie rąk.
Kolejne antyżydowskie ekscesy miały miejsce 20 maja w Wormacji, gdzie gmina żydowska istniała od czasów rzymskich. Tu do Emicha przyłączyli się miejscowi mieszczanie. Ginął każdy Żyd, który dostał się w ich ręce. Podobnie jak w Spirze, w Wormacji rzezi przeciwstawił się miejscowy biskup, w którego pałacu schronili się ocaleni z pogromu. Na nic jednak się zdały protesty duchownego – napastnicy wtargnęli do jego rezydencji i wymordowali pół tysiąca ludzi. Gmina w Wormacji praktycznie przestała istnieć.
Pięć dni później doszło do pogromu w Moguncji. Scenariusz wydarzeń był podobny. Na wieść o wcześniejszych pogromach biskup Rothard nakazał zamknąć przed Emichem bramy miasta. Jednak w wyniku zdrady udało mu się wejść i wymordować ponad tysiąc miejscowych Żydów, w tym również tych, którzy schronili się w rezydencji biskupa. Podobny los spotkał Żydów w Kolonii, Trewirze i Metzu oraz w wielu innych miastach.
