Tymczasem w czerwcu 1661 r. zawiązała się konfederacja wojsk koronnych, która objęła dwie trzecie żołnierzy i domagała się wypłaty zaległego żołdu.
Za sprawą Lubomirskiego konfederacja przekształciła się w ruch polityczny w obronie praw i swobód szlacheckich( głównie przeciwko elekcji vivente rege), zwany Związkiem Święconym. W odpowiedzi na to obóz królewski doprowadził do zawiązania znacznie słabszej konfederacji w dywizji Czarnieckiego zwanej Związkiem Pobożnym i przystąpił do politycznej rozprawy z hetmanem.
Królowa Maria Ludwika zaplanowała schwytanie go, uwięzienie i postawienie przed sądem, ale hetman uciekł, uprzedzony o planach królowej. Obóz królewski nie zrezygnował i w 1664 r. doprowadził do oskarżenia Lubomirskiego o zdradę stanu. Hetman nie stawił się przed sądem sejmowym, zatem zaocznie – na podstawie niezbyt mocnych dowodów – został skazany na infamię, banicję i konfiskatę dóbr. W tej sytuacji Lubomirski (dodatkowo pozbawiony wszystkich urzędów) schronił się pod opiekę cesarską na Śląsk, gdzie za austriackie pieniądze werbował żołnierzy.
W następnym roku wkroczył do kraju na czele zwerbowanego wojska, połączył się ze swoimi skonfederowanymi zwolennikami i wszczął otwarty rokosz.
Jan Kazimierz wysłał przeciw rokoszanom wojska litewskie, które Lubomirski we wrześniu pobił pod Częstochową, po czym w listopadzie doszło do chwilowego porozumienia z królem i zaprzestania walk. W 1666 r. starano się osiągnąć ugodę na forum sejmu, ale nie doszło do porozumienia, bo sejm został zerwany przez stronnictwo Lubomirskiego. Wojna domowa rozgorzała na nowo. 12–13 lipca pod Mątwami nieopodal Inowrocławia doszło do rozstrzygającej bitwy. Na czele 20-tysięcznej, niemal w całości zawodowej armii królewskiej stali biegli w sztuce wojennej wodzowie: sam Jan Kazimierz i Jan Sobieski. Lubomirski dowodził 16 tysiącami ludzi, w tym pospolitym ruszeniem.
Inicjatywę wykazał Jan Kazimierz, przeprawiając przez rozdzielającą wojska Noteć dragonię, trzy pułki jazdy, trochę piechoty i dział. Na wojska te natarła znienacka jazda Lubomirskiego, doprowadzając do złamania szyków i popłochu. Bród był wąski. Przeprawienie posiłków uniemożliwiali blokujący go uciekinierzy z drugiego brzegu. W tej sytuacji Jan Kazimierz patrzył bezsilnie, jak wyrzynane są jego wojska, w tym dragoni, którzy się poddali.
Tak – wyrzynane, bo pod Mątwami doszło do bestialstwa. Dało znać o sobie zdziczenie wywołane niemal dwudziestoleciem nieustannych wojen. Jan Sobieski w liście do Marysieńki napisał po bitwie „Nie tylko Tatarowie, Kozacy nigdy takiego nie czynili tyraństwa, ale we wszystkich historiach o takim od najgrubszych narodów nikt nie czytał okrucieństwie. Jednego nie najdują ciała, żeby czterdziestu nie miał mieć w sobie razów, bo i po śmierci się nad ciałami pastwili".
W bitwie pod Mątwami wyginął kwiat armii tak potrzebnej na zagrożonej przez Rosjan Litwie i na Naddnieprzu. W bratobójczej walce poległo około jednej piątej królewskiej armii (4 tysiące żołnierzy) i od 200 do 300 rokoszan.
Na szczęście rzeź otrzeźwiła swych winowajców i uczestników. Wrogie wojska oddaliły się od siebie. Królowi jednak nie pozostało nic innego jak zawarcie ugody. 31 lipca w Łęgonicach Jan Kazimierz wyrzekł się planów elekcji vivente rege i obiecał amnestię. Jerzy Lubomirski został przywrócony do czci, lecz nie do urzędów, przeprosił władcę i udał się na wygnanie, gdzie niebawem zmarł. Jan Kazimierz abdykował.
W ciągu niecałych 100 lat rokosz, jeden z wielu instrumentów szlacheckiej walki politycznej (prawda – radykalnej), stał się sposobem zaspokajania ambicji rosnącej w siłę magnaterii. Przeszedł drugą drogę od pogromu kur pod Lwowem, do wyjątkowo krwawej rzezi wojsk królewskich pod Mątwami. Stał się hamulcem rozwoju Rzeczypospolitej, szybko przyczyniając się do degeneracji jej ustroju i samej warstwy rządzącej. Przelewy krwi kończyły się wszak obowiązkową amnestią, która problem legalności działań rokoszan pozostawiała tylko sumieniu ich przywódców.