Pion śledczy IPN nie tylko prowadzi śledztwa dotyczące zbrodni komunistycznych, ale także popełnionych przez Niemców, czy Ukraińców w czasie wojny.
Z ustawy o IPN wynika, że prokuratorzy mogą prowadzić śledztwa w sprawie przestępstw popełnionych w okresie od września 1939 (początek wojny) do lipca 1990 r. (do likwidacji SB i utworzeniu UOP). Mowa tutaj zarówno o zbrodniach komunistycznych, nazistowskich, a także np. wojennych popełnionych na Polakach. I właśnie tych dotyczy śledztwo, które prowadzi pion śledczy warszawskiego oddziału IPN.
Bada on okoliczności zbrodni popełnionej 22 września w Boryszewie koło Sochaczewa. Niemcy rozstrzelali wtedy 50 polskich jeńców, w grupie tej znalazło się wielu oficerów. Wszyscy pochodzili z Bydgoszczy lub najbliższych okolic i służyli w Bydgoskim Batalionie Obrony Narodowej. Pełne dane zabitych ustalili historycy. IPN zna ich nazwiska, w większości przypadków dokładne daty i miejsce urodzenia, a także adresy miejsc zamieszkania w 1939 r.
– Apelujemy do krewnych ofiar, którzy dotychczas nie zostali przesłuchani o zgłaszanie się do pionu śledczego IPN w Warszawie – mówi nam Marcin Gołębiewicz, naczelnik warszawskiego pionu IPN. Możliwy jest kontakt telefoniczny 22 530 86 26 lub listowny: Pion śledczy IPN w Warszawie, Plac Krasińskich 2/4/6, 00-207 Warszawa (trzeba wtedy podać sygnaturę sprawy S 37/11/Zk).
Zbrodnia, którą zajmuje się prokurator określana jest przez niektórych historyków małym podwarszawskim Katyniem.