W 1768 r. John Adams przeniósł się do Bostonu – miasta portowego, które w drugiej połowie XVIII w. było bez wątpienia największym ośrodkiem gospodarczym, kulturowym i intelektualnym Nowej Anglii. Jako prawnik nie miał szczęścia, ponieważ w wyniku nasilającego się konfliktu między kolonistami a koroną brytyjską władze angielskie postanowiły zamknąć sądy kolonii. Chociaż jego legalistyczne poglądy zaczęły tracić sens, John Adams wciąż uważał się za obywatela imperium brytyjskiego i wiernego poddanego króla. Być może właśnie z tego powodu zdecydował się zostać obrońcą żołnierzy angielskich, którzy 5 marca 1770 r. otworzyli w Bostonie ogień do demonstrantów protestujących przed urzędem celnym mieszczącym się w budynku Giełdy Królewskiej przeciw nowym cłom oraz obecności w mieście nowego kontyngentu wojsk brytyjskich. W czasie zamieszek, które przeszły do historii jako rzeź bostońska, zginęło pięciu demonstrantów. Nikt ze znanych prawników bostońskich nie ośmielił się podjąć obrony żołnierzy, którzy zabili demonstrantów. Jedynym, który się na to zdecydował, był John Adams. Wydawało się, że obrona morderców w mundurach definitywnie zakończy karierę młodego prawnika z Braintree. Tymczasem, zanim rozpoczął się proces, Adams bez problemu został wybrany do legislatury kolonii Massachusetts. Dzięki kapitalnej obronie Johna Adamsa angielski kapitan Thomas Preston oraz większość żołnierzy jego oddziału zostali uniewinnieni. Winę udowodniono jedynie dwóm żołnierzom, którzy zostali skazani na niewielkie kary. Za swoje zwycięstwo w sądzie John Adams musiał jednak zapłacić wysoką cenę. Środowisko patriotów uznało go za zdrajcę. Zrozpaczony Adams opuścił Boston i powrócił do Braintree, a w swoim dzienniku napisał: „Do widzenia, polityko".
Autor Deklaracji niepodległości
Początek kariery politycznej Thomasa Jeffersona przypada na rok 1774, kiedy Anglicy zdecydowali się zamknąć karnie port w Bostonie. Jefferson przekonał wówczas swoich kolegów z legislatury Wirginii do jednodniowej głodówki. Demonstracja nie była zbyt dokuczliwa dla delegatów, ale stała się silnym politycznie wyrazem solidarności z mieszkańcami Massachusetts. Brytyjskie restrykcje wobec kolonii zaczęły gwałtownie przybierać na sile. W maju 1774 r. gubernator Wirginii książę Dunmore rozwiązał legislaturę tej kolonii. Oburzeni delegaci z Jeffersonem na czele spotkali się 27 maja w Ralegh Tavern, gdzie wydali oświadczenie, że „atak na jakąkolwiek kolonię będzie uznany za atak na wszystkie". Postanowili także, że hrabstwa Wirginii wybiorą swoich delegatów na I Kongres Kontynentalny, na który zjechać mieli przedstawiciele 11 innych kolonii, jedynie bez reprezentantów Georgii. Chociaż Jefferson został wybrany jako reprezentant hrabstwa Albermare, nie mógł pojawić się na obradach (prawdopodobnie ze względu na grypę żołądka). Wysłał jednak do zgromadzenia projekt deklaracji protestacyjnej pod nazwą „Zbiór opinii na temat praw Ameryki Brytyjskiej".
Projekt ten miał ogromne znaczenie dla późniejszej koncepcji niepodległości Stanów Zjednoczonych. Był bowiem pierwszym tak poważnym i głęboko przemyślanym intelektualnie zbiorem poglądów separatystycznych. Jefferson jasno przedstawiał swoją wizję rozwoju politycznego Ameryki Północnej. Radykalnie stwierdzał, że ani kolonie, ani ich mieszkańcy nie są własnością króla, a 160 tys. elektorów i urzędników brytyjskich nie ma prawa despotycznie rządzić 4 milionami wolnych mieszkańców kolonii. W opinii Jeffersona powstało nowe społeczeństwo amerykańskie, które może podlegać jedynie takim prawom, jakie samo sobie ustanowiło. W jego opinii Londyn nie miał żadnych praw do dysponowania ziemią 13 kolonii. I Kongres Kontynentalny odrzucił jednak projekt uchwały Thomasa Jeffersona. 53 delegatów przyrzekło wierność królowi Jerzemu III, choć jednocześnie zgłosiło prawo do ustanowienia własnej milicji – ochotniczych oddziałów militarnych w służbie kolonii i jej mieszkańców.
Chociaż manifest Jeffersona został odrzucony, to wzbudził ogromne zainteresowanie delegatów i zasiał niepokój wśród rojalistów. W połowie 1775 r. Thomas Jefferson mógł już osobiście przedstawić swoje dość radykalne stanowisko podczas sesji II Kongresu Kontynentalnego. Jego aktywność publiczną przerwała dopiero w grudniu 1775 r. wieść o chorobie żony i córki. Podczas powrotu do Monticello ze zdumieniem odkrył, jak bardzo nasiliły się nastroje antybrytyjskie wśród mieszkańców tej kolonii po tym, gdy gubernator Wirginii lord Dunmore nakazał spalić miasto Norfolk za bunt przeciw Koronie. To był zły czas dla przyszłego prezydenta Stanów Zjednoczonych – choroba żony i córki oraz śmierć matki 31 marca 1776 r. pogrążyły Thomasa Jeffersona w smutku. Jedyną rzeczą, która mobilizowała jego siły, była wola doprowadzenia walki o prawa kolonii do końca.
7 czerwca 1776 r. Richard Henry Lee przedstawił Kongresowi rezolucję Wirginii, która postulowała zjednoczenie wszystkich kolonii i utworzenie z nich wspólnego państwa, z jednoczesnym zerwaniem wszystkich więzów politycznych z Wielką Brytanią. 1 lipca 1776 r. Kongres powołał pięcioosobową komisję do opracowania projektu Deklaracji niepodległości. Oprócz Benjamina Franklina, Thomasa Sherwooda i Roberta Livingstone'a w jej skład weszli ludzie, którzy w przyszłości zostali prezydentami nowego państwa: John Adams z Massachusetts oraz Thomas Jefferson z Wirginii. I to właśnie na wniosek Johna Adamsa komisja ta Thomasowi Jeffersonowi powierzyła opracowanie Deklaracji niepodległości. Znamienne, że jedna z najwspanialszych i nowatorskich proklamacji politycznych w dziejach świata została napisana przez 33-letniego człowieka. Od 11 do 28 czerwca 1776 r. Jefferson ciągle zmieniał treść swojego dzieła. Wreszcie powstała deklaracja zawierająca 1800 słów, z czego Kongres wykreślił aż 460. Treść dokumentu została zaaprobowana dopiero 2 lipca, a proklamowana i podpisana 4 lipca 1776 r. Podobno, kiedy kolejni delegaci podpisywali dokument, w sali obrad panował nastrój daleki od euforycznego.
Amerykanie w Paryżu
John Adams wszedł w skład delegacji kolonii Massachusetts zarówno na I, jak i na II Kongres Kontynentalny. Jego dawne poglądy legalistyczne odeszły w cień, a on sam stał się zagorzałym zwolennikiem niezależności kolonii od korony brytyjskiej, czemu zresztą dał wyraz, publikując w „Boston Gazette" serię polemicznych artykułów podpisanych pseudonimem Novanglus. Były one odpowiedzią na rojalistyczne artykuły czołowego bostońskiego torysa podpisującego się pseudonimem Massachusenttensis. Zbiór tych polemik jest dzisiaj znany pod nazwą „Historia sporu z Ameryką" i stanowi obowiązkową lekturę na wydziałach historii i nauk politycznych amerykańskich uczelni.