Kolejnym zadaniem, z którego wywiązał się znakomicie, było ufortyfikowanie West Point, bardzo ważnego punktu strategicznego w dorzeczu rzeki Hudson. Kościuszko zbudował najpotężniejszą twierdzę ówczesnej Ameryki, która całkowicie sparaliżowała ruch wojsk angielskich w tym rejonie. Potem dostał przydział do armii południowej, gdzie kontynuował z sukcesami prace fortyfikacyjne, ale także odpowiadał za organizowanie przepraw przez rzeki.
Po zakończeniu wojny w uznaniu zasług Tadeusz Kościuszko uchwałą Kongresu awansowany został na generała brygady armii amerykańskiej. Otrzymał też nadanie gruntu (około 250 ha) oraz ponad 12 tys. dolarów żołdu (suma ta miała być wypłacona w rocznych ratach). Polski historyk Andrzej Zahorski tak podsumował amerykański rozdział życia Kościuszki: „Spędził w Ameryce osiem lat, opuszczał ją jako dojrzały, doświadczony oficer-inżynier (...) o ustalonych poglądach politycznych. Uczestnictwo w amerykańskiej wojnie o niepodległość zaważyło też na jego poglądach na sztukę wojenną. Uwierzył w możliwość prowadzenia zwycięskiej wojny przez armię zaimprowizowaną. (...) Do Polski wracał doświadczony inżynier, obeznany z problemami politycznymi i zawodowymi, gotów swe umiejętności poświęcić własnej ojczyźnie".
W obronie Konstytucji 3 maja
Ojczyzna początkowo odwróciła się do niego plecami, dlatego na długie pięć lat zaszył się w swoim majątku w Siechnowicach. Choć folwark przynosił niewielki dochód, Kościuszko zdecydował się zmniejszyć swym chłopom pańszczyznę do połowy. Szansę na powrót do wojska dał mu Sejm Wielki, który już w jednej ze swoich pierwszych uchwał podniósł liczbę wojska do 100 tys. 12 października 1789 r. Kościuszko otrzymał podpisaną przez króla upragnioną nominację na generała majora wojsk koronnych. Trzy lata później, gdy wybuchła wojna polsko-rosyjska w obronie Konstytucji 3 maja, wódz naczelny wojsk Rzeczypospolitej, ks. Józef Poniatowski, dowództwo jednej z trzech podlegających mu armii powierzył Kościuszce.
Rosjanie wkroczyli w granice Rzeczypospolitej 22 maja 1792 r. Dywizja Kościuszki stanowiła tylną straż wojsk polskich i to właśnie dzięki jego przemyślanym manewrom gros polskich sił mogło wycofać się w sposób zorganizowany na linię Bugu, a dzięki zaszachowaniu korpusu Leonidowa Kościuszko umożliwił Poniatowskiemu odniesienie zwycięstwa pod Zieleńcami. Był w pierwszej grupie odznaczonej nowym orderem Virtuti Militari.
Największą sławą okrył się jednak pod Dubienką 18 lipca 1792 r. Był to ważny punkt strategiczny na linii Bugu, położony u styku granic Rzeczypospolitej i Austrii. Kościuszko, wykorzystując doświadczenia amerykańskie, umiejętnie obwarował okolicę. Sam wódz naczelny armii rosyjskiej, gen. Michał Kochowski, wybrawszy się podjazdem pod obóz polski, stwierdził, że „miejscowość przeciwnik obwarował ze znajomością najbardziej możliwą". Rosjanie mieli miażdżącą przewagę. Armia Kościuszki liczyła zaledwie 5 tys. ludzi i miała 24 działa. Kochowski dowodził blisko 20-tysięcznym korpusem. Mimo to wszystkie ataki czołowe Rosjan zostały odparte. Kościuszko nie przewidział jednak, że nieprzyjaciel obejdzie jego pozycje przez terytorium Austrii. Kiedy tak się stało, kawaleria narodowa Biernackiego wpadła w panikę i zagarnęła ze sobą próbującego ich powstrzymać Kościuszkę. Bardziej karna piechota wycofała się w porządku do Chełma. Podczas rejterady jazdy Kościuszko przeżył załamanie nerwowe. Ta pewna słabość charakteru polskiego wodza, pojawiająca się w sytuacjach stresowych, ujawni się jeszcze w przyszłości.
Kiedy król Stanisław August Poniatowski przystąpił do konfederacji targowickiej i ogłoszono kapitulację, Kościuszko złożył dymisję i postanowił wyjechać z kraju. Skierował się do Lipska, który w owym czasie stał się centrum polskiej emigracji. Jeszcze zanim przekroczył granicę, dotarła do niego wieść, że 26 sierpnia 1792 r. parlament francuski nadał mu obywatelstwo tego kraju. Wyróżnienie było spore, bo nagrodzono w ten sposób tylko 18 osób z całego świata. Francuzi uznali ich za elitę ludzkości, ponieważ „pod jakimkolwiek bądź słońcem mieszkając, poświęcili swój czas i siły na obronę sprawy ludów przeciw despotyzmowi, na wytępienie przesądów i rozszerzenie wiedzy ludzkiej".