Jak ważnym dla placówki jest rekonstruowany dach nieistniejącej już synagogi w Gwoźdźcu świadczy fakt, że wielkość tego obiektu musiała być uwzględniona w projekcie budynku. Dzięki temu jest on widoczny z dwu kondygnacji Muzeum; widzowie mogą obejrzeć zarówno konstrukcję więźby dachowej, jak i bogato polichromowane sklepienie.