Jak wynika ze śledztwa Instytutu Pamięci Narodowej, w tym nadzwyczajnym akcie barbarzyństwa ukraińskich esesmanów wspomagali miejscowi chłopi ukraińscy, a także miejscowy pododdział Ukraińskiej Armii Powstańczej (UPA), prawdopodobnie pod dowództwem Dmytra Karpenki, ps. Jastrub. Niektórzy historycy uważają także, że do rzezi przyłączyli się nacjonaliści ukraińscy z oddziału Włodzimierza Czerniawskiego.
Akcja pacyfikacyjna rozpoczęła się od ostrzału wsi. Uciekających Polaków rozstrzeliwano. Jeszcze gorszy los spotykał tych, którzy zostali schwytani przez ukraińskich cywilów. Pozostali mieszkańcy Huty Pieniackiej, którzy pochowali się w piwnicach swoich domów lub w kościele, byli wyłapywani i bestialsko mordowani. Ci, którym udało się przeżyć ten straszny dzień, opowiadali o wyjątkowym bestialstwie ukraińskich morderców. Polaków zabijano tak, aby jak najdłużej cierpieli. Siedemdziesięcioletniej Rozalii Sołtys zadano cios bagnetem w brzuch i konającą zostawiono w błocie. Noworodki rozbijano uderzeniem o ścianę, pastwiono się nad rodzącą kobietą, a dowódcę polskiej samoobrony Kazimierza Wojciechowskiego oblano jakąś łatwopalną cieczą i podpalono. Wcześniej Ukraińcy brutalnie zabili jego żonę i córkę oraz ukrywanych przez tę polską rodzinę Żydów. W stodole rodziny Relichów zamknięto ok. 40 osób. Następnie oblano budynek benzyną i podpalono. Ukraińcy zapędzali ludzi do drewnianych budynków gospodarczych, w których ryglowali drzwi i zabawiali się ostrzeliwaniem ścian. Po chwili, kiedy słyszeli jęki konających, oblewali budynki benzyną i podpalali. Ze wsi, w której było 170 gospodarstw, pozostały zalewie trzy budynki, których nie udało się spalić. Z tysiąca mieszkańców przeżyło zaledwie 160 osób, którym jakimś cudem udało się wymknąć z obławy prowadzonej przez ukraińskich cywilów. Zbrodnia w Hucie Pieniackiej nie była operacją objętą tajemnicą wojskową. Jeszcze tego samego dnia ukazała się krótka informacja o tej akcji w ukraińskojęzycznej gazecie „Lwiwśki wisti".
Taka wiedza o zbrodni w Hucie Pieniackiej wynika ze śledztwa prowadzonego przez IPN. Zdaniem historyków i prokuratorów Instytutu brutalnej pacyfikacji ludności polskiej w Hucie Pieniackiej dokonali Ukraińcy z 14. Dywizji SS „Galizien" wraz z żołnierzami z UPA. Nie wszyscy historycy zgadzają się z tym ustaleniami. W dzisiejszym wydaniu specjalnym „Rzeczy o Historii" postanowiliśmy przedstawić nieco inne spojrzenie na tragedię Huty Pieniackiej. Historyk Hubert Kuberski podważa wiele kluczowych wniosków śledczych z IPN. Nie oznacza to, że nasza gazeta opowiada się za tą lub inną interpretacją historii. Pragniemy rozbudzić rzeczową dyskusję, wysłuchać argumentów obu stron historycznego sporu, poznać stanowisko nieco odmienne od oficjalnych wniosków naukowców z IPN.
Jestem stanowczym przeciwnikiem wszelkich prób negowania zbrodni wojennych. Uważam jednak, że z szacunku dla ofiar powinniśmy cały czas dochodzić prawdy także w drodze sporu naukowego. Moje osobiste stanowisko w sprawie oceny postawy moralnej nacjonalistów ukraińskich w czasie II wojny światowej przedstawiłem w wydanym na łamach „Rzeczpospolitej" w sierpniu zeszłego roku artykule pt. „Armia diabła". Osobiście jestem zwolennikiem wniosków, do jakich doszli badacze z IPN, i z szacunkiem odnoszę się do działalności Stowarzyszenia Huta Pieniacka. Niemniej podziwiam Huberta Kuberskiego za pasję i ciężką pracę, jaką włożył w badania trudnej historii relacji polsko-ukraińskich podczas sowieckiej i niemieckiej okupacji.
