Nie chodziło jedynie o zerwanie łączności duchowej ze Stolicą Apostolską i Kościołem, ale o wielką rewolucję o charakterze ustrojowym. Władza papieska w średniowieczu sięgała głęboko w życie każdej europejskiej monarchii. Biskup Rzymu sprawował najwyższą władzę prawodawczą i sądowniczą w Kościele. Te atrybuty w połączeniu z dogmatem o jego nieomylności w sprawach wiary i moralności czyniły papieża najwyższym mediatorem, arbitrem i jurorem polityki europejskiej, którego werdykty były ostateczne i niepodważalne. Pod koniec pierwszego milenium „Wikariusz Chrystusa”, wspierany przez sobory, uzyskał monopol stanowienia norm prawa kościelnego.
Rzym domagał się wyłączności mianowania i odwoływania biskupów, od IV w. bowiem kandydaci na biskupów byli zazwyczaj wskazywani przez lokalnych władców świeckich, ich rady lub wybierani przez miejscowy kler. W czasie uroczystości nazywanej inwestyturą świecką władca wręczał biskupowi pierścień i pastorał, w zamian za co biskup zobowiązywał się utworzyć drużynę w służbie monarchy i składał władcy przysięgę wierności.
Biskupi bywali potężnymi sprzymierzeńcami władcy, ale także jego najgorszymi wrogami.
Ten obyczaj wywoływał coraz większy niepokój w Rzymie. Na przełomie pierwszego i drugiego tysiąclecia rozgorzał spór o to, kto może wyznaczać biskupów i komu mają oni składać przysięgę wierności. Pod koniec XI w. idea uniwersalizmu papieskiego zaczęła budzić sprzeciw niektórych władców świeckich, a w szczególności cesarza rzymskiego i króla niemieckiego Henryka IV. W 1080 r. spór o prawo do wyznaczania biskupów podgrzał synod mediolański, zwany także wielkopostnym, który z całą surowością, pod groźbą ekskomuniki, zabraniał władcom świeckim mianowania biskupów. Ten zakaz zasadniczo zmieniał oblicze średniowiecznej monarchii. Biskup nie był bowiem administratorem diecezji wyłącznie w zakresie spraw dotyczących duchowieństwa. Będąc wasalem świeckiego suwerena, sprawował w jego imieniu władzę sądowniczą. Sądy kościelne pełniły zatem rolę sądów świeckich, administracyjnych i karnych. Ustanowienie pod koniec XII w. specjalnych trybunałów inkwizycyjnych podległych wyłącznie papieżowi doprowadziło do groźby zmonopolizowania przez kler wszystkich obszarów jurysdykcji państwa świeckiego. Czyniło to papieża sędzią najwyższym – nawet w obszarze sporów dynastycznych.
Biskupi bywali potężnymi sprzymierzeńcami władcy, ale także jego najgorszymi wrogami. Przekonał się o tym choćby król Władysław Łokietek, który wiele wycierpiał przez biskupa krakowskiego Jana Muskatę, ale był wspierany przez arcybiskupa gnieźnieńskiego Jakuba Świnkę.
