W czasach Jagiełły duże znaczenie dla Krakowa miała także unia Polski z Litwą – właśnie Wawel był najważniejszym ośrodkiem dyspozycyjnym połączonych państw. Tu także znajdowała się rezydencja władcy: najpierw królowej Jadwigi jako króla Polski, a potem także króla Władysława Jagiełły. Od 1401 r. Litwa miała swojego Wielkiego Księcia – Magnus Dux Lithuaniae. Jednak król Władysław Jagiełło nosił tytuł Supremus Dux Lithuaniae, czyli pełnił rolę zwierzchnią w stosunku do Wielkiego Księcia. Wszystkie sprawy kluczowe dla Polski i Litwy rozstrzygały się więc na Wawelu.
Ogromne znaczenie miał fakt, że Wawel był także nekropolią i miejscem koronacji polskich władców. Co istotne, stołeczność Krakowa chętnie wykorzystywali do swoich interesów małopolscy możnowładcy. Wywoływało to bardzo niekorzystne reperkusje w innych miastach Polski. Za Kazimierza Wielkiego, a zwłaszcza po jego śmierci, także panowie wielkopolscy próbowali włączyć się do politycznej gry – starającemu się o polski tron Ludwikowi Andegaweńskiemu postawili warunek, by na króla Polski koronował się w Gnieźnie. Gdy mimo wszystko Ludwik uczynił to w Krakowie, zażądali, by przynajmniej insygnia królewskie znalazły się w gnieźnieńskiej katedrze. Żadnego z tych warunków król węgierski nie spełnił. Wawelskie koronacje Jadwigi i Jagiełły przypieczętowały fakt, że centrum władzy jest w Krakowie.
Rola Wawelu była także potężna w samym konflikcie z Krzyżakami. Tutaj skonstruowano plan wielkiej rozprawy z zakonem. Po zwycięstwie Kraków zgarnął wielkie trofea, choć oczywiście nie był jedynym miastem obdarowanym przez króla. Wielka fundacja powstała na przykład w Lublinie. Na pewno jednak do Krakowa trafiło to, co najbardziej spektakularne – słynne chorągwie krzyżackie. Działał tu także Jan Długosz, ojciec naszej historiografii, syn uczestnika bitwy pod Grunwaldem, uczony obdarzony nadzwyczajnym zmysłem historycznym.
Długosz uważał, że zdobyte przez wojska Jagiełły chorągwie powinny zyskać trwałą dokumentację. Jego katalog „Banderia Prutenorum”, zawierający opisy i wizerunki chorągwi, był jedynym tego rodzaju świadectwem epoki. Sami Niemcy doskonale rozumieli, jak ważne było dzieło Długosza, rekwirując je podczas II drugiej wojny światowej. Niektórzy uważają, że kiedy Prusacy wkraczali do Krakowa w wyniku upadku powstania kościuszkowskiego, chorągwie z Wawelu natychmiast zostały ewakuowane. Znalazły się w Wiedniu, gdzie przez pewien czas przechowywano je w muzeum wojskowym, potem jednak zaginęły. Być może po prostu rozsypały się gdzieś ze starości.
Nie mniej istotne jest, że w Krakowie opracowano prawdopodobnie także plan taktyczny bitwy. Trzeba pamiętać, że nie była to zwykła średniowieczna bitwa – jej plan przygotowano opierająć się na doświadczeniach taktyki rycerskiej, zachodnioeuropejskiej, ale także wykorzystując wschodnioeuropejski tatarski sposób walki. To musiało być dla Krzyżaków niemałym zaskoczeniem i w znaczącym stopniu przyczyniło się do zwycięstwa.
