IPN zakłada, że zbrodnie, których dopuszczono się wobec ludności polskiej na Kresach noszą znamiona zbrodni ludobójstwa i nie podlegają przedawnieniu. Śledztwa takie trwają po kilka, kilkanaście lat i zwykle kończą się umorzeniem z powodu nie wykrycia sprawców zbrodni, lub – po ustaleniu ich danych – stwierdzeniu, że już nie żyją. Śledczy głównie posiłkują się zeznaniami bliskich ofiar rzezi, opierają się na materiałach przygotowanych przez historyków, a także dokumentami zgromadzonymi w Zakład im. Ossolińskich we Wrocławiu oraz przez instytucje kościelne (to głównie księgi parafialne). Pion śledczy IPN ciągle poszukuje też dokumentów i świadków tych wydarzeń. Polscy prokuratorzy współpracują też z ukraińskim odpowiednimi IPN. Występują o dokumenty do strony ukraińskiej i zwykle je otrzymują. Chociaż niektórzy śledczy przyznają, że odpowiedź na zadawane pytania nie zawsze jest pełna.
W tej chwili piony śledcze IPN badają m.in. zbrodnie popełnione na terenie byłego powiatu przemyskiego w latach 1944-1947, powiatu sanockiego w latach 1943 – 1947, powiatu Lesko w latach 1943-1947, Rawa Ruska i Tomaszów Maz. w latach 1942-1945, powiatów: Podhajce, Przemyślany, Brzeżany i Buczacz, woj. tarnopolskiego, w latach 1939 - 1945 oraz na terenie powiatów Lwów i Bóbrka.
Olbrzymie wielowątkowe śledztwo prowadzi teraz np. pion śledczy lubelskiego oddziału IPN. Dotyczy ono zbrodni ludobójstwa, popełnionych na terenie byłego województwa wołyńskiego w latach 1939 - 1945 przez nacjonalistów ukraińskich. „W szczególności dopuszczenia się zabójstw kilkudziesięciu tysięcy mężczyzn, kobiet i dzieci narodowości polskiej, znęcania się fizycznego, psychicznego nad członkami polskiej grupy narodowej, zniszczenia lub kradzieży ich mienia oraz stosowania innych represji (...) w celu stworzenia warunków życia grożących im biologicznym wyniszczeniem bądź zmuszających do opuszczenia swoich siedzib i ucieczki z terenów byłego województwa wołyńskiego". Jak podaje IPN szacunkowo zamordowanych na Wołyniu zostało około 60, a nawet 80 tysięcy osób narodowości polskiej. Dziesiątki tysięcy, którym udało się przeżyć te wydarzenia, zostało zmuszonych do ucieczki pozostawiając cały dorobek życia.
Okrutne zbrodnie
Zebrane przez śledczych dokumenty wskazują na ogrom zbrodni popełnianych w tamtych latach. Np. śledztwo prowadzone przez szczeciński pion śledczy IPN dotyczy zabójstwa 23 sierpnia 1943 r. w miejscowości Majdan (dawny powiat Koszyrski) co najmniej 139 mieszkańców wsi. „ Przed wybuchem II wojny światowej stosunku sąsiedzkie pomiędzy Polakami i Ukraińcami zarówno we wsi Majdan jak i miejscowości okolicznych układała się bardzo dobrze. Po wybuchu II wojny światowej, stosunki pomiędzy mieszkańcami wsi uległy zasadniczej zmianie" – czytamy w opisie prowadzonego śledztwa.
„ W dniu 23 sierpnia 1943 r. w godzinach porannych wioska Majdan została otoczona przez nacjonalistów ukraińskich. Mieszkańcy wsi zostali zgromadzeni w miejscowej szkole pod pozorem zebrania. Następnie ok. 10 mężczyzn zabrano ze szkoły i zaprowadzono do zabudowań gospodarczych Antoniego Z. Tam w stodole polecono im wykopać dół, a następnie przyprowadzano po kilku mieszkańców i po zadaniu śmiertelnych ciosów ostrymi narzędziami ciała ofiar wrzucano do wykopanego dołu. W stosunku do osób, które chciały uciec użyto broni palnej".
