Komuniści zmienili zdanie dopiero na początku roku 1981, po trwającym ponad miesiąc strajku okupacyjnym studentów z Łodzi, do których z czasem przyłączały się także uczelnie w innych miastach. - Ja brałem udział w organizowaniu strajku na Uniwersytecie Jagiellońskim, u nas protest potrwał tylko kilka dni, do momentu kiedy zarejestrowano zrzeszenie, czyli 17 lutego 1981 – wspomina Jarosław Guzy, przewodniczący zrzeszenia w 1989 roku.

Od tamtej pory NZS działał legalnie – do organizacji zapisało się mniej więcej 1/3 studentów. – Nie to rozstrzygało o sile zrzeszenia. Ważniejsze było, że walczyliśmy o niezależność uczelni i zmiany w programie studiów - mówi Guzy.

Wśród działaczy ówczesnego NZS byli m.in. Marek Jurek, Janusz Kurtyka, Maciej Płażyński, Jan Maria Rokita, Agnieszka Romaszewska (potem żona Jarosława Guzego) i Donald Tusk,

Po wprowadzeniu stanu wojennego działalność niezależnych od władz organizacji została zawieszana. O ile jednak NSZZ „Solidarność" formalnie zlikwidowano uchwałą sejmową dopiero w październiku 1982 roku, to NZS rozwiązano już w grudniu 1981. - Władza nas nie lubiła, mimo, że nie stanowiliśmy takiej siły jak „Solidarność" – przypomina pierwszy szef organizacji.

„Solidarność" przetrwała w konspiracji do końca lat 80., NZS po rozwiązaniu go przez władze praktycznie przestał istnieć. Jego działacze włączyli się w konspirację solidarnościową. Byli drukarzami, kolporterami podziemnych wydawnictw, uczestniczyli w antykomunistycznych manifestacjach.

Niezależne Zrzeszenie Studentów odrodziło się dopiero wiosną 1988 roku, gdy wraz z protestami robotniczymi rozpoczęły się też strajki studenckie.

We kwietniu 1989, na mocy umów „okrągłego stołu" nastąpiła ponowna rejestracja „Solidarności". NZS znów musiał czekać dłużej – organizację zalegalizowano dopiero pod koniec września, po strajkach okupacyjnych na wielu uczelniach, 10 dni po powołaniu rządu Tadeusza Mazowieckiego.

Dziś zrzeszenie to działania związane głównie z życiem studenckim i problemami socjalnymi środowiska. – A przydałoby się trochę ducha rewolucyjnego, bo w obecnych czasach konformizm zdominował życie publiczne – narzeka Jarosław Guzy.