Komuniści zmienili zdanie dopiero na początku roku 1981, po trwającym ponad miesiąc strajku okupacyjnym studentów z Łodzi, do których z czasem przyłączały się także uczelnie w innych miastach. - Ja brałem udział w organizowaniu strajku na Uniwersytecie Jagiellońskim, u nas protest potrwał tylko kilka dni, do momentu kiedy zarejestrowano zrzeszenie, czyli 17 lutego 1981 – wspomina Jarosław Guzy, przewodniczący zrzeszenia w 1989 roku.
Od tamtej pory NZS działał legalnie – do organizacji zapisało się mniej więcej 1/3 studentów. – Nie to rozstrzygało o sile zrzeszenia. Ważniejsze było, że walczyliśmy o niezależność uczelni i zmiany w programie studiów - mówi Guzy.
Wśród działaczy ówczesnego NZS byli m.in. Marek Jurek, Janusz Kurtyka, Maciej Płażyński, Jan Maria Rokita, Agnieszka Romaszewska (potem żona Jarosława Guzego) i Donald Tusk,
Po wprowadzeniu stanu wojennego działalność niezależnych od władz organizacji została zawieszana. O ile jednak NSZZ „Solidarność" formalnie zlikwidowano uchwałą sejmową dopiero w październiku 1982 roku, to NZS rozwiązano już w grudniu 1981. - Władza nas nie lubiła, mimo, że nie stanowiliśmy takiej siły jak „Solidarność" – przypomina pierwszy szef organizacji.
„Solidarność" przetrwała w konspiracji do końca lat 80., NZS po rozwiązaniu go przez władze praktycznie przestał istnieć. Jego działacze włączyli się w konspirację solidarnościową. Byli drukarzami, kolporterami podziemnych wydawnictw, uczestniczyli w antykomunistycznych manifestacjach.
