Projekt przyszłego muzeum obejmie teren poobozowy i dwa budynki wystawiennicze – Memoriał oraz Szary Dom.
Szary Dom to obiekt usytuowany przy ul. Jerozolimskiej 3 w Krakowie. Był on budynkiem administracyjnym cmentarza Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie. W 1942 r. stał się częścią infrastruktury obozowej. Mieściły się w nim biura oraz więzienie. Obiekt ten ma zostać poddany konserwacji. Znajdą się w nim wystawa stała, przestrzeń warsztatowa oraz czytelnia. Z kolei w nowo powstałym budynku przy ul. Kamieńskiego, położonym poza obszarem obozu, znajdzie się pozostała część wystawy stałej. Przy Memoriale znajdzie się centrum obsługi zwiedzających.
Miejsca egzekucji
Muzeum powstało na gruntach należących do Gminy Miejskiej Kraków, Gminy Wyznaniowej Żydowskiej oraz Skarbu Państwa. Obejmuje ok. 40 hektarów, w tym obszar ok. 37 hektarów, który jest wpisany do rejestru zabytków. Znajdują się na nim relikty dwóch przedwojennych cmentarzy żydowskich, zabudowań obozowych oraz trzy miejsca egzekucji i masowe groby. W oddanym dla zwiedzających muzeum zostanie wyznaczona ścieżka edukacyjna. Pokazane zostaną ważne miejsca dla historii obozu, np. masowe groby i plac apelowy. Projekt upamiętnienia zakłada pozostawienie terenu dawnego obozu w możliwie niezmienionym i autentycznym stanie.
W poprzednich latach zostały przeprowadzone na tym terenie badania archeologiczne. Dzięki nim naukowcy uzupełnili wiedzę na temat topografii obozu, znaleźli także 16 tys. zabytków. Część przedmiotów będzie prezentowana na wystawie stałej. Odnaleziono np. pucharek kiduszowy – naczynie służące do obrzędu błogosławienia wina podczas kolacji szabatu i świąt żydowskich, fragment atary z chusty modlitewnej (tałesu), kawałek filiżanki ze Szpitala Żydowskiego, fragment opaski z gwiazdą Dawida. Muzeum otrzymało też pamiątki od darczyńców, m.in. różaniec z chleba, który należał do Antoniego Wrzoska, profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego, ale też skórzany pejcz odnaleziony w prywatnym domu w Kłaju, gdzie w czasie wojny mieszkali obozowi strażnicy.
Żydzi, Romowie i Polacy
Obóz został utworzony w październiku 1942 r. na terenie krakowskich dzielnic Podgórze i Wola Duchacka. Początkowo był to obóz pracy dla Żydów ze zlikwidowanego w marcu 1943 r. krakowskiego getta. W lipcu 1943 r. Niemcy utworzyli tam także obóz pracy wychowawczej dla Polaków. W styczniu 1944 r. został on przekształcony w obóz koncentracyjny. Funkcjonował też jako obóz przejściowy dla kierowanych do KL Auschwitz węgierskich Żydów.