Na przestrzeni stuleci w Szczecinie kilkakrotnie powstawały kolekcje o ponadregionalnym znaczeniu, w większości jednak zostały one rozproszone w wyniku katastrof politycznych i militarnych. Tylko niewiele dzieł dotrwało do dziś w Szczecinie i znajduje się w zbiorach Muzeum. Jednak pamięć o dawnych kolekcjach w dużej mierze określa współczesne kierunki działalności Muzeum Narodowego w Szczecinie.
Tradycje kolekcjonerstwa w Szczecinie sięgają XVI wieku. W szczególnie imponujący sposób zapisał się w historii książę Filip II, panujący w pierwszych dziesięcioleciach XVII stulecia – humanista i znawca sztuki, wszechstronnie wykształcony, również w czasie kawalerskich podróży, które zawiodły go m.in. do Kopenhagi, Wolffenbüttel oraz – na blisko dwa lata – do Włoch. Za jego rządów najważniejsze, zarówno zgromadzone przez poprzedników dzieła, jak i nowe własne zakupy stały się podstawą zorganizowania kunstkamery na szczecińskim zamku, umieszczonej w specjalnym skrzydle książęcej rezydencji, wybudowanym w latach 1616-1619 (obecnie skrzydło mennicze Zamku Książąt Pomorskich). Program kunstkamery opracował w 1615 słynny niemiecki humanista Filip Hainhoffer z Augsburga, który od 1610 stale służył księciu pomocą przy zakupie dzieł sztuki i składaniu zamówień artystycznych, kształtując politykę kolekcjonerską władcy. Po wygaśnięciu pomorskiej dynastii Gryfitów zbiory uległy jednak rozproszeniu.
W XIX wieku, kiedy to Szczecin wkroczył na drogę szybkiego rozwoju, która wyprowadziła go z roli sennego, pruskiego miasta garnizonowego i podniosła do rangi drugiego co do wielkości portu Niemiec, o krajobrazie kolekcjonerskim miasta decydowały znaczące rodziny patrycjuszy, m.in. Stoltingowie, Dohrnowie, Kaselowie i inni. Proces tworzenia publicznych zbiorów i instytucji stricte muzealnej rozpoczął się ostatecznie w 2. połowie XIX wieku. W 1878 erygowano Muzeum Miejskie, w skład którego weszły m.in.: Miejska Galeria Obrazów (Städtische Bildergalerie), Miejski Gabinet Grafiki (Städtische Kupferstichsammlung), Zbiór Brązów Antycznych (Antike Bronzesammlung).
Powstałe w wyniku scalenia kolekcji miejskich Muzeum Miejskie (Museum der Stadt Stettin) uzyskało w 1913 siedzibę w nowym, wybudowanym według projektu Wilhelma Meyera-Schwartaua gmachu przy dzisiejszych Wałach Chrobrego. Dzięki darom patrycjuszy, jak również dzięki działalności pierwszego dyrektora Waltera Riezlera, zgromadzono w Muzeum Miejskim znakomitą kolekcję sztuki antycznej, malarstwa nowożytnego oraz zbiór dzieł ówczesnych artystów, jak również znaczący zespół muzealiów przyrodniczych. Druga z instytucji muzealnych – Pomorskie Muzeum Krajowe (Pommersches Landesmuseum) – otrzymała swoją siedzibę, barokowy gmach dawnego Ziemstwa Pomorskiego, w okresie międzywojennym.
