Naprzeciw niewielkiej polskiej floty stanęło kilkadziesiąt okrętów Kriegsmarine, w tym dwa pancerniki, trzy lekkie krążowniki, dziewięć niszczycieli i kilkanaście okrętów podwodnych. Jednostki te, rozmieszczone w odpowiednich strefach i sektorach, w większości prowadziły działania blokadowe. Gros strat zada polskiej flocie niemieckie lotnictwo. Było to zapowiedzią tego, jak w rozpoczętej wojnie – mimo bohaterstwa i poświęcenia marynarzy – będzie wyglądał los wielu pozbawionych osłony lotniczej okrętów.
Wojnę rozpoczęły 1 września 1939 r. o godz. 4.45 wystrzały z pancernika „Schleswig-Holstein" skierowane na polską placówkę na Westerplatte. Bazy opuściły polskie okręty podwodne, udając się do zaplanowanych sektorów działań, a także „Gryf" z trałowcami. Niestety, ok. godz. 14, w trakcie nalotu na Gdynię, polska flota poniosła pierwsze straty: zatonął stary torpedowiec ORP „Mazur", okręt do prac podwodnych „Nurek" i mały holownik „Warta". Tego samego dnia miała miejsce również pierwsza bitwa lotniczo-morska tej wojny. Zespół złożony z „Wichra", „Gryfa" i ośmiu mniejszych jednostek miał zaminować szlak wodny łączący Pilawę z Gdańskiem. Około godz. 18,3 mile morskie na południe od Helu jednostki zostały zaatakowane przez ok. 30 niemieckich junkersów Ju-87 Stuka. Szczęśliwie żaden okręt nie został zatopiony, jednak uszkodzeń doznał „Gryf" (zginął też jego dowódca), a także trałowiec „Mewa". Co gorsza, pełniący czasowo obowiązki dowódcy „Gryfa" kpt. Wiktor Łomidze, obawiając się dalszych ataków lotniczych i tego, że w efekcie bliskich eksplozji miny uległy rozregulowaniu, polecił wyrzucić je za burtę. W tej sytuacji akcja została odwołana, a „Gryfa" zacumowano na Helu, tworząc zeń pływającą baterię.
„Wichra" również przekształcono w pływającą baterię, wygaszając na nim kotły i demontując uzbrojenie podwodne. Poranek 3 września rozpoczął się obiecująco: helskiej baterii nadbrzeżnej razem z „Gryfem" i „Wichrem" udało się przepędzić dwa niszczyciele typu „Leberecht Maass" i uszkodzić jeden z nich. Niestety, po serii nalotów po południu toną unieruchomione „Gryf", „Wicher" oraz „Mewa". Po tych tragicznych wydarzeniach inicjatywę muszą przejąć trałowce. 12 i 14 września „Jaskółka", „Czajka" i „Rybitwa", mimo swego niezbyt imponującego uzbrojenia (jedno działo kal. 75 mm), wspierały ogniem żołnierzy polskich walczących na Kępie Oksywskiej. Postawiły także zagrodę minową z 60 min na południe od Helu. 14 września rano na stojące w Jastarni jednostki spada nalot 11 niemieckich samolotów. Toną „Jaskółka" i „Czajka". Pozostałe trzy trałowce przechodzą na Hel, gdzie zostają rozbrojone, a w przeddzień jego kapitulacji – 1 października – zatopione przez własne załogi.
Podwodna odyseja
Okręty podwodne realizowały plan „Worek" – obrony podejść do Gdyni i Helu. Duże jednostki, rozlokowane w większości na płytkich akwenach po obu stronach Półwyspu Helskiego, nie miały szansy wykazać się sukcesami – niemieckie większe jednostki z rzadka zapuszczały się tak blisko brzegu, polskie drapieżniki zaś same stały się przedmiotem zajadłego polowania ze strony niemieckich okrętów i lotnictwa. Udało się natomiast postawienie niewielkich zagród minowych przez „Wilka", „Rysia" i „Żbika". Na jednej z nich 1 października zatonął niemiecki trałowiec „M 85". Uszkodzone w wyniku ataków okręty, z wyczerpanymi i sfrustrowanymi załogami nie nadawały się do walki. Dowódca „Wilka" podjął decyzję o przedarciu się do Wielkiej Brytanii, podczas gdy „Sęp", „Ryś" i „Żbik" w połowie grudnia weszły na wody terytorialne Szwecji, gdzie zostały internowane.
Trudniejsza droga czekała „Orła". Z okolic Gotlandii udał się do neutralnego Tallina, by wysadzić na ląd swego chorego dowódcę. Tam okręt został bezprawnie internowany przez Estończyków, którzy zabrali z pokładu dziennik nawigacyjny i mapy. Okręt został zaholowany w głąb basenu i postawiony pod strażą. Rozpoczęło się jego rozbrajanie – zdemontowano m.in. zamki do dział, zdjęto dziesięć torped i odebrano załodze prawie całą broń ręczną. Polacy rozpoczęli przygotowania do ucieczki, czego udało się dokonać nocą 17 września. Sterroryzowano estońskich strażników, „Orzeł" zerwał cumy (wcześniej podpiłowane) i wydostał się na otwarte morze. Do 7 października patrolował w pobliżu szwedzkich wybrzeży, by następnie skierować się do Wielkiej Brytanii. Przejście zaminowanego i strzeżonego Sundu bez map (dysponowano jedynie odręcznie wykonanym z pamięci szkicem wybrzeży) było wielkim sukcesem kpt. Jana Grudzińskiego i jego załogi.
Walki na obczyźnie
Po przybyciu na angielskie wody ustalono, że polskie jednostki zostaną podporządkowane operacyjnie Brytyjczykom. Stosowna umowa otwierała również możliwość dzierżawy brytyjskich okrętów przez PMW. Załogi docierały się we współpracy z Brytyjczykami. Po kilku sztormach okazało się, że nasze niszczyciele, dostosowane do warunków bałtyckich, musiały przejść poprawiającą ich stateczność „kurację odchudzającą". Polacy stanowczo sprzeciwili się pomysłom redukcji uzbrojenia, natomiast z pokładów „Błyskawicy" i „Groma" zdjęto po ok. 60 ton wyposażenia, m.in. kapitańską wannę! Do końca wojny wszystkie jednostki będą poddawane licznym remontom i przezbrojeniom, tak by ich wyposażenie nadążało za morskim wyścigiem zbrojeń. Z czasem pojawią się choćby uniwersalne działa mogące zwalczać cele morskie i lotnicze, ASDIC – czyli sonar przeciwko okrętom podwodnym, radar czy „jeże" – strzelające przed dziób miotacze rakietowych bomb głębinowych. Niestety, sędziwe, francuskiej konstrukcji „Wilk" i „Burza" aż do końca swojej służby będą trapione licznymi defektami i usterkami.