W rzeczywistości początków zakonu należy szukać wcześniej, w latach 60. XI wieku. Wtedy to pobożna konfraternia z republiki morskiej Amalfi wykupiła od Al-Mustansira – kalifa z dynastii Fatymidów – plac „o rzut kamieniem na południe od Grobu Świętego", na którym wybudowano kompleks szpitalny. Fundacja obejmowała również starsze budynki: żeński klasztor Matki Boskiej Łacińskiej (Santa Maria Latina) powstały za rządów kalifa Haruna ar-Raszida – tego, który usiłował zawrzeć sojusz militarny z Karolem Wielkim wymierzony przeciw Cesarstwu Bizantyjskiemu. Patronem zakonu został św. Jan Chrzciciel, zwany św. Janem Jerozolimskim. Stąd oficjalna nazwa zakonu brzmi: Suwerenny Rycerski Zakon Szpitalników św. Jana Jerozolimskiego, zwany Rodyjskim i Maltańskim. Potocznie jego członkowie nazywani są joannitami, szpitalnikami oraz, w nawiązaniu do jego głównych siedzib, rycerzami rodyjskimi i kawalerami maltańskimi. Historię zakonu można podzielić na cztery okresy: działalność w Ziemi Świętej w Jerozolimie i Akce do upadku Akki w 1291 roku, działalność na Rodos w latach 1310–1523, działalność na Malcie w latach 1530–1798 i działalność obejmująca ostanie dwa stulecia i czasy współczesne.