W rzeczywistości początków zakonu należy szukać wcześniej, w latach 60. XI wieku. Wtedy to pobożna konfraternia z republiki morskiej Amalfi wykupiła od Al-Mustansira – kalifa z dynastii Fatymidów – plac „o rzut kamieniem na południe od Grobu Świętego", na którym wybudowano kompleks szpitalny. Fundacja obejmowała również starsze budynki: żeński klasztor Matki Boskiej Łacińskiej (Santa Maria Latina) powstały za rządów kalifa Haruna ar-Raszida – tego, który usiłował zawrzeć sojusz militarny z Karolem Wielkim wymierzony przeciw Cesarstwu Bizantyjskiemu. Patronem zakonu został św. Jan Chrzciciel, zwany św. Janem Jerozolimskim. Stąd oficjalna nazwa zakonu brzmi: Suwerenny Rycerski Zakon Szpitalników św. Jana Jerozolimskiego, zwany Rodyjskim i Maltańskim. Potocznie jego członkowie nazywani są joannitami, szpitalnikami oraz, w nawiązaniu do jego głównych siedzib, rycerzami rodyjskimi i kawalerami maltańskimi. Historię zakonu można podzielić na cztery okresy: działalność w Ziemi Świętej w Jerozolimie i Akce do upadku Akki w 1291 roku, działalność na Rodos w latach 1310–1523, działalność na Malcie w latach 1530–1798 i działalność obejmująca ostanie dwa stulecia i czasy współczesne.

Pierwszy szpital

Zakon Maltański powstał jako zakon szpitalny niosący pomoc potrzebującym i nigdy nie sprzeniewierzył się temu powołaniu. Szpital Jerozolimski, prowadzony przez braci pod przewodnictwem pierwszego zwierzchnika zakonu błogosławionego Gerarda, dawał schronienie nie tylko chorym, ale i podobnie jak w innych średniowiecznych lecznicach także bezdomnym, opuszczonym oraz pielgrzymom. Nowością był fakt, że w Szpitalu Jerozolimskim każdy chory miał własne łóżko, co nie zdarzało się w lecznicach w Europie. Bracia zakonni wykonywali również inne działania charytatywne, jak rozdawnictwo żywności ubogim oraz opieka nad porzuconymi dziećmi, dla których zakon organizował i opłacał pomoc u 1000 opiekunek. Szpital w Jerozolimie był przeznaczony na około 1000 osób, lecz w wyjątkowych sytuacjach liczba podopiecznych wzrastała do około 2000. Wizytujący szpital pielgrzym Jan z Würzburga pisał: „budynek wielki i wspaniały, którego nie sposób sobie wyobrazić, przedtem go nie widziawszy". W innym miejscu dodawał, iż zakon templariuszy nie daje nawet dziesiątej części tego, co szpitalnicy. Zakon zaangażował się w działalność militarną za rządów błogosławionego Raymunda du Puy (1120–1160), a z czasem w jego władaniu pozostało wiele warowni i zamków, m.in. słynne Crac des Chevaliers i Markab (Margat) w Syrii. Joannici uczestniczyli we wszystkich bataliach państw krzyżowych przeciwko Saracenom, ale też niezmiennie trwali przy głównej szpitalniczej misji.

Od pierwszych lat swojego istnienia zakon rozwijał się bardzo dynamicznie, tworząc sieć swoich placówek w państwach krzyżowych: Królestwie Jerozolimskim, Księstwie Antiochii, Hrabstwie Edessy, Hrabstwie Trypolisu, Królestwie Cypru, cylicyjskim Królestwie Armenii, Łacińskim Cesarstwie Konstantynopola i w państwach europejskich. Placówki te swoją działalność ogniskowały na zaspokajaniu potrzeb humanitarnych. Od najwcześniejszych okresów swojego istnienia zakonnicy św. Jana Jerozolimskiego wcielali w życie swoją dewizę „Tuitio fidei et obsequium pauperum", to znaczy: obronę wiary i pomoc ubogim, potrzebującym, chorym.

Żołnierze i słudzy

Po upadku Akki w 1291 roku joannici na około 19 lat osiedlili się na Cyprze. Niewiele wiadomo o tym okresie historii zakonu, choć pewny jest fakt prowadzenia przez nich szpitala. W latach 1308–1309 w sojuszu z genueńskim korsarzem Vignolo dei Vignoli zdobyli tereny pod państwo zakonne obejmujące około 30 wysp Dodekanezu, z enklawami w okolicach Smyrny, Halikarnasu oraz Epiru, z centrum na Rodos. Po upadku Rodos kawalerowie św. Jana Jerozolimskiego błąkali się, na krótko osiadając w Messynie, Cumae, Civitavecchia, Viterbo, Corneto, Villefranche, Nicei i Syrakuzach. W 1530 roku cesarz Karol V ofiarował im Maltę z okolicznymi wyspami w zamian za daninę w postaci dwóch sokołów myśliwskich rocznie. Podczas pobytu na Malcie osiągnięto kolejny szczebel rozwoju szpitalnictwa. Pierwszy szpital wybudowano w 1532 roku w Birgu, lecz w 1565 roku – ponieważ istniejący szpital nie spełniał pokładanych w nim oczekiwań – zadecydowano o budowie nowego. Sacra Infermeria w Valletcie powstała w 1578 roku. Była typową instytucją kliniczną, w której chorzy byli lokalizowani na poszczególnych oddziałach w zależności od rodzaju choroby, na którą cierpieli.

Po opanowaniu Malty przez Napoleona Bonaparte (1798 r.) kawalerowie maltańscy przez ponad 30 lat nie mogli się odnaleźć w zaistniałej sytuacji. Dodatkowy kryzys został spowodowany przekazaniem insygniów wielkich mistrzów niekanonicznemu wielkiemu mistrzowi carowi Pawłowi, mimo że wielki mistrz Ferdynand von Hompesch jeszcze nie abdykował. Dopiero w 1834 roku papież Grzegorz XVI przekazał kawalerom maltańskim Dom Świętej Marty (Watykan), który użytkowali jako szpital przez 20 lat. W 1856 roku powstał szpital dla ozdrowieńców, niedożywionych dzieci i chorych na jaglicę. Nad szpitalem sprawowali opiekę cesarz Franciszek Józef I oraz Wielki Przeorat Czech i Austrii. Po I wojnie światowej szpitalem opiekował się Związek Szwajcarskich Kawalerów Maltańskich. Obecnie nieczynny budynek ze znakami krzyża maltańskiego znajduje się w strefie demarkacyjnej pomiędzy Izraelem i Autonomią Palestyńską.