Węgry stały dla sułtana otworem. Szczęśliwie dla pokonanych Sulejman był zaskoczony tym, jak łatwo przyszło mu to zwycięstwo. Co prawda zajął Budę, lecz nie zdecydował się na marsz w głąb Węgier i okupację całego królestwa. Docierające z azjatyckiej części imperium osmańskiego wieści o niepokojach wewnętrznych zmusiły go do odwrotu. Armia turecka wycofała się, obsadzając jedynie zamki na południu Węgier. Nie zmieniało to faktu, że los Korony św. Stefana był przesądzony.
Na Węgrzech ponownie rozgorzała wojna domowa o tron. Odwołując się do zapisów układu wiedeńskiego, pretensje do niego zgłosili Habsburgowie. Szlachta popierała natomiast kandydaturę Jana Zapolyi, który w 1526 roku został obwołany królem. Zapolya walczył ze zmiennym szczęściem o koronę z Ferdynandem Habsburgiem, bratem cesarza Karola V. Krótko musiał nawet szukać azylu w Polsce, u szwagra Zygmunta Starego (dwór Zapolyi rezydował w małopolskim Tarnowie). Ostatecznie w 1538 roku konflikt zakończył pokój dzielący Węgry między obu rywali i Turcję. Centrum kraju ze stołeczną Budą przypadło sułtanowi. Na wschodzie wydzielono dla Zapolyi dziedziczne księstwo siedmiogrodzkie, które było tureckim lennem. Zachodnia i północna część dawnego królestwa dostała się w ręce Habsburgów. Utrzymali oni tytuł królów węgierskich i dzięki temu rościli sobie później prawa do całych Węgier. Państwo węgierskie przestało istnieć na przeszło półtora wieku.
Historycy, nie tylko węgierscy, od stuleci tworzą katalogi przyczyn klęski mohackiej i upadku państwa Madziarów. W każdym z nich poczesne miejsce zajmuje skrajna nieodpowiedzialność Ludwika II Jagiellończyka. Jak słusznie napisała w jego biogramie Małgorzata Duczmal, „Ludwik był koronowanym królem Czech Węgier około 17 lat. Oficjalnie panował – licząc od śmierci jego ojca – dziesięć lat. Samodzielne rządy sprawował de jure od uzyskania niepodległości przez pięć lat. W rzeczywistości – w dosłownym tego słowa znaczeniu – nie rządził nigdy”.
