Wieczorem 23 marca 1944 r. pod posterunek w Łańcucie ściągnięto furmanki z okolicznych wsi. Po północy czterech niemieckich żandarmów oraz czterech funkcjonariuszy granatowej policji wyruszyło w kierunku Markowej.
Najprawdopodobniej zbrodnię zainicjował granatowy policjant Włodzimierz Leś, Ukrainiec. Handlarz Szall dysponował przed wojną dużym majątkiem. Zostawił go pod opieką dawnego przyjaciela Lesia. Szallowie kontaktowali się z Lesiem. Najpewniej domagali się zwrotu pieniędzy, które były im potrzebne do ukrywania się. Leś postanowił wykorzystać sytuację do pozbycia się żydowskich sąsiadów i zagarnąć ich własności. Ustalił, gdzie Szallowie mają kryjówkę, i zadenuncjował ich.
Dzięki świadkom oraz zachowanym aktom sądowym, historycy z dużą dokładnością ustalili przebieg zbrodni. Dowódcą grupy ekspedycyjnej był szef posterunku żandarmerii niemieckiej w Łańcucie porucznik Eilert Dieken. Inni żandarmi to: Josef Kokott, Michael Dziewulski i Erich Wilde. Udało się ustalić nazwiska dwóch granatowych policjantów: Eustachego Kolmana oraz Włodzimierza Lesia.
Jednym z uczestników morderstwa w Markowej był Josef Kokott, który urodził się w czeskim Koblowie. Zgłosił się do niemieckiego wojska, a w 1941 roku został skierowany do żandarmerii w Łańcucie. Z zachowanej dokumentacji sądowej z 1958 r. można odczytać mechanizm zbrodni.
„(...) Około godz. 1 po północy Edward Nawojski wraz z trzema innymi furmanami, żandarmerią i policją granatową pojechali w kierunku Soniny. Wśród żandarmów był wtedy Kokot i Dziewulski. Przed wjazdem do Markowej, na uboczu w odległości około 400 metrów od drogi stały zabudowania gospodarcze, przed którymi żandarmi zatrzymali furmanki i udali się w ich kierunku wraz z policją (...). Po kilku minutach w obrębie zabudowań padło kilka strzałów. W tym czasie jeden z żandarmów podszedł do furmanów, polecił im jechać do ogrodu w obrębie wspomnianych zabudowań, następnie przeprowadził ich na podwórze, gdzie kazał się przyglądać temu, co się będzie działo. Po wejściu na podwórze Nawojski spostrzegł zwłoki zastrzelonego mężczyzny. Po chwili zza domu wyprowadzono kolejno kilka osób narodowości żydowskiej – w tym dwie lub trzy Żydówki i zastrzelono je. W rozstrzeliwaniu tych Żydów brał udział również Kokot, który osobiście zastrzelił jednego z nich. Następnie żandarmi wyprowadzili z mieszkania małżeństwo narodowości polskiej i również zastrzelili je na podwórzu. Po zastrzeleniu owego małżeństwa żandarmi odbyli krótką naradę co zrobić z dziećmi. (...) Szef żandarmerii dał rozkaz zastrzelenia dzieci. Wówczas Kokot osobiście wyprowadził z mieszkania dwoje dzieci, pchnął je na ziemię i zastrzelił. Później na miejsce egzekucji przyszli miejscowi chłopi, którzy pochowali zwłoki rozstrzelanych. Przed tym wynieśli oni kilka trupów ze strychu".
