Innocenty III, choć zapobiegł wielkiej schizmie we Francji, przez potomnych został zapamiętany jako oprawca francuskich chrześcijan i prześladowca wszystkich wolnomyślicieli epoki. Głęboko wierzył, że „każdy duchowny musi usłuchać papieża, nawet jeżeli nakazuje czyny grzeszne, dlatego że nikt nie ma prawa osądzać papieża". Te słowa były dewizą jego 18-letniego pontyfikatu, który do historii przeszedł jako burzliwy czas walk o jedność Kościoła katolickiego.
Krewny 13 papieży
Innocenty III, a właściwie Lotario de'Conti di Segni, pochodził z rodziny ściśle związanej z dziejami Państwa Kościelnego. Trazymund, ojciec Innocentego III, pochodził z rodu Scottich, hrabiów Segni, który dał światu aż dziewięciu papieży. Klarysa z rodu Orsinich hrabiów Segni mogła się pochwalić czterema papieżami w rodzinie. Obie te rodziny wydały na świat aż 13 papieży, którzy ukształtowali Kościół u schyłku średniowiecza. Panujący w latach 1187–1191 papież Klemens III był wujem Lotaria, który mianował siostrzeńca kardynałem diakonem kościoła świętych Sergiusza i Bakchusa w Rzymie.
Przypuszcza się, że poglądy teologiczne i styl sprawowania urzędu piotrowego przez wuja mogły wpłynąć na przekonania polityczne Lotaria. Przez cały swój pontyfikat Klemens III był ogarnięty pasją organizacji III krucjaty, którą zwołał jeszcze jego poprzednik Grzegorz VIII. Niektórzy historycy uważają, że 29-letni kardynał Lotario przesiąknął waleczną wizją chrześcijaństwa swojego wuja. Klemens III miał ukształtować w nim przekonanie, że o jedność Kościoła należy walczyć nie tylko słowem, ale przede wszystkim ogniem i mieczem.
Ta wizja chrześcijaństwa wojującego mieszała się w nim z poglądami ukształtowanymi na studiach w Paryżu, a później w Bolonii. W czasie nauki w Paryżu zawiązał przyjaźnie z takimi ludźmi jak Robert Courcon, który później został kardynałem i legatem papieskim, czy Piotrem z Corbeil, którego Innocenty III mianował arcybiskupem Sens. Kroniki uniwersyteckie wspominają Lotaria z rodu Contich jako człowieka ciekawego świata, o bardzo rozbudowanej duchowości. Wymownym gestem charakteryzującym jego osobowość była pielgrzymka do grobu świętego Tomasza Beketa, którą Lotario odbył w czasie przerwy wakacyjnej. Zapiski uniwersyteckie wskazują, że młody student był autorem pięknego hymnu „Veni Sancte Spiritus", stanowiącego fragment liturgii mszy świętej poprzedzający śpiew Alleluja. Niektórzy historycy przypisują mu także autorstwo wielkopostnej pieśni „Stabat Mater" (pol. „Stała Matka bolejąca"), śpiewanej do dziś w czasie ważnych obrzędów kościelnych. Przeważa jednak opinia, że prawdziwym twórcą tej pieśni był żyjący na przełomie XIII i XIV w. włoski poeta franciszkański Jacopone da Todi, znany jako twórca jednego z największych średniowiecznych laudariów.
Z Paryża Lotario udał się do Bolonii – miasta, które w owym czasie stanowiło centrum intelektualne Europy. Na tamtejszym uniwersytecie studiowało aż 10 tys. studentów przybywających z najdalszych zakątków kontynentu, a najbardziej obleganym fakultetem był wydział prawa rzymskiego i kościelnego. Prawdopodobnie w 1184 r. w wieku 24 lat Lotario zakończył swoją edukację na tym wydziale, uzyskując tytuł doktora praw. W tym samym roku wrócił do Rzymu, gdzie przyjął święcenia kapłańskie. Dzięki pochodzeniu i wykształceniu zaczął błyskawicznie wspinać się po drabinie kościelnej hierarchii. Nie minęło sześć lat, jak otrzymał kapelusz kardynalski z rąk swojego wuja.