17 stycznia 1566 r. w Rzymie odbyła się koronacja papieża Piusa V. Nowo wybrany biskup Rzymu Michele Ghislieri obchodził tego dnia 62. urodziny. Nie miał jednak specjalnych powodów do radości. Przejmował władzę nad Kościołem podzielonym, skorumpowanym i chylącym się ku moralnemu i politycznemu upadkowi. Nigdy wcześniej nad łodzią Piotrową nie zgromadziły się tak czarne chmury, a nowy papież jak nikt inny był świadomy tragicznej sytuacji Kościoła.
Od inkwizytora do papieża
Blisko ćwierć wieku wcześniej, w 1542 r., Michele Ghislieri został mianowany wikariuszem Trybunału Inkwizycyjnego w Pawii. To położone 30 km od Mediolanu główne miasto Lombardii odgrywało szczególną rolę w polityce Rzymu. To tutaj w zakamarkach dominikańskiego klasztoru, głównej siedziby włoskiej inkwizycji, gromadzono informacje o ośrodkach uniwersyteckich Italii, które stanowiły kuźnie postępu i nauki ówczesnej Europy. Przyszły Pius V przejmował jurysdykcję kościelną nad Lombardią i Marchią Genueńską, którą uważano wówczas za linię frontu między pojawiającymi się jak grzyby po deszczu nowoczesnymi poglądami filozoficznymi a konserwatywnym spojrzeniem na świat, reprezentowanym głównie przez dominikańskich funkcjonariuszy inkwizycji. W diecezji Pawii w latach 1292–1305 pierwszym surowym inkwizytorem był dominikanin Lanfranco da Bergamo. Półtora wieku później (1455–1474) trybunałem inkwizycyjnym w tym regionie kierował Paolo Folperti, fanatyczny mnich, który rozpętał największe w dziejach Włoch polowanie na czarownice.
Wobec narastającej fali reformacji papież Paweł III nakazał założyć w Pawii Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji. Miała ona zarządzać systemem śledczo-sądowniczym Kościoła katolickiego we Włoszech. Siedzibą tej instytucji był dominikański konwent św. Tomasza w Pawii. Trybunałowi i Kongregacji zawsze przewodniczył członek zakonu dominikańskiego. Finansowaniem działalności inkwizycji zajmowało się świeckie Bractwo Świętego Krzyża (crocesignati), które istnieje do dzisiaj. W skład tej grupy wchodzili ludzie szczególnie oddani Stolicy Apostolskiej, będący zalążkiem przyszłego wywiadu papieskiego.
Dominikanin Michele Ghislieri piął się po szczeblach kariery w sądownictwie Kościoła. W 1550 r. został inkwizytorem w Como, najbardziej wysuniętej na północ włoskiej diecezji. Kroniki kościelne wskazują, że położone na obecnym pograniczu ze Szwajcarią miasto Como było zakonspirowanym ośrodkiem reformacji. Te same zapiski wspominają, że nowy inkwizytor rozpracował i zdusił w zarodku środowisko wrogie Kościołowi, czym zwrócił uwagę niezwykle wpływowego kardynała Giovanniego Pietro Carafy, przewodniczącego rzymskiej inkwizycji, który w 1555 r. został wybrany na papieża i przyjął imię Paweł IV. Obaj duchowni doskonale zdawali sobie sprawę, że obradujący od 1545 r. sobór powszechny w Trydencie nie powstrzyma postępów reformacji. Oprócz dekretów i nowych wytycznych ojców soborowych potrzebne było działanie bezpośrednie. Kontrreformacja przybierała postać regularnej wojny, w której rola szpiegów była nie do przecenienia.
Autokratyczny styl rządów Pawła IV nie przysporzył mu zwolenników. Papieża oskarżano o nepotyzm, symonię i życie ponad stan. Za swoją chciwość i wspieranie siostrzeńców zapłacił tiarą. W styczniu 1559 r. kuria rzymska i kolegium kardynalskie oskarżyły Pawła IV o przestępstwa, które ośmieszały Kościół. 18 sierpnia tego samego roku papież został wygnany z Rzymu, co dowodziło, że w wojnie z reformacją nikt nie stoi ponad prawem. Nad łodzią Piotrową szalała burza i Kościół nie mógł pozwolić, aby jej sternikiem był defraudant, nepota i okrutnik.