Parafia Wszystkich Świętych szybko się powiększała. Wielu Żydów przyjmowało chrzest, choć nie był on koniecznym warunkiem, by otrzymać z parafii stosowne zaświadczenie. „Wiem skądinąd, że każdemu, kto się do niego zgłosił, wydawał metrykę chrztu” – opowiadał Zamenhof. Jednak sam fakt przyjęcia przez Żyda chrztu nie zmieniał w oczach Niemców jego statusu prawnego. Jednocześnie liczne konwersje na katolicyzm przez dużą część Żydów przyjmowane były niechętnie. Konflikt powiększało to, że świeżo ochrzczeni pochodzili przeważnie z inteligencji, piastowali stanowiska administracyjne w Judenracie i w ogólnej opinii powodziło im się lepiej ze względu na kontakty z aryjskimi przyjaciółmi spoza getta.
Emanuel Ringelblum w „Kronice warszawskiego getta” skarży się, że neofici z kościoła Wszystkich Świętych nie chcą znać Żydów. Przytacza zasłyszaną relację, jakoby ksiądz na Grzybowie miał nakazać neofitom wyparcie się Żydów. Jednak badający tę sprawę Peter Dembowski w książce „Chrześcijanie w getcie warszawskim” twierdzi, że „ta plotka była tylko plotką. Z tego, co wiemy o dwóch parafiach w getcie, wydaje mi się niemożliwe, aby jeden z księży mógł coś takiego powiedzieć. To, co mogło być powiedziane, mogło brzmieć tak: „Neofici powinni dobrze strzec swojej chrześcijańskiej wiary”.
W wielu relacjach z warszawskiego getta pojawia się problem narastających konfliktów między Żydami katolikami a wyznawcami religii mojżeszowej. Nastawienie części Żydów do tych, którzy przyjęli chrzest, było tak wrogie, że czasem powodowało ponoć nawet rękoczyny. Częsta była opinia, że Kościół katolicki, ratując żydowskie dzieci, kieruje się własnym interesem – „poluje na duszyczki”, przyjmuje opłaty za podopiecznych, załatwia sobie alibi, że nie siedział bezczynnie. – W takiej interpretacji niesienia pomocy tkwi totalna nieznajomość chrześcijaństwa, która czasem pokutuje do dziś – ocenia prof. Żaryn.
W getcie ks. Godlewski jawi się jako człowiek o silnej psychice, z którego rad i wsparcia korzystają inni. Zamenhof, wówczas mały chłopiec, szczególnie zapamiętał chwilę, gdy ksiądz bez słowa pogłaskał go po głowie. W niedzielę i święta wygłaszał kazania. Leopold Hirszfeld pisze, że wiernych porywały nie biblijne, lecz te patriotyczne. Przytacza jedno z nich, w którym ks. Godlewski mówi o matce ojczyźnie. Że choć czasem krzywdziła, to jednak kocha. Że więź narodu jest silniejsza niż wspólnota pochodzenia. Ojczyznę się zdobywa przez wspólne ukochanie. Czy z tych słów można wnioskować, że wypowiadający je zrewidował swoje przedwojenne poglądy na temat szkodliwości Żydów dla ojczyzny? „Pięknie i odważnie mówił” – zachwyca się Hirszfeld, parafianin.
Szanse na ratunek dla Żydów dawały przede wszystkim fałszywe metryki chrztu. „Zamówiliśmy w tajnej drukarni, oczywiście nielegalnie, pewną liczbę blankietów dokumentujących przynależność do Kościoła rzymskokatolickiego, z umieszczoną fotografią właściciela, z podpisem księdza, pieczątką parafii i wydawaliśmy je każdemu, kto sobie tego życzył” – opisuje ks. Czarnecki. Potem tym, którzy chcieli przejść na aryjska stronę, fałszowali metryki chrztu. W księgach parafialnych znajdowali osobę zmarłą, której data urodzenia mogła zostać wykorzystana. Uciekinierowi nadawali jej tożsamość. „Wielu takich dotąd znam osobiście i do dziś pozostali przy przybranym nazwisku” – pisał w 1973 r. ks. Czarnecki.
Ks. Godlewski nie był przy likwidacji getta. Być może nie pozwolił mu na to stan zdrowia, może zadecydowały względy urzędowe – w kilku opracowaniach pojawia się informacja, że władze niemieckie zabrały mu przepustkę na teren getta. Jednak głęboko poruszony w końcu lipca 1942 r. wysyła telegram do ks. Czarneckiego: „Wracaj – likwidują getto”. To ksiądz Czarnecki odprawi w kościele Wszystkich Świętych ostatnią mszę, pożegna parafian i wyjdzie odprowadzony na czele procesji z figurą Matki Bożej, która była na dziedzińcu parafii i stała się symbolem pracy duszpasterskiej w getcie. Kilka dni później parafia zostanie zlikwidowana. Ci z lokatorów domu parafialnego, którzy pozostali, wyjadą z Umschlagplatz do Treblinki.
Ks. Godlewski przebywa w tym czasie w domu w Aninie, który zapisał w testamencie Zgromadzeniu Sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi. Tu , pod opieką m.in. przełożonej siostry Apolonii Sawickiej przebywa 30 – 40 sierot. Połowa z nich jest pochodzenia żydowskiego. – Nie ograniczał się tylko do duszpasterstwa. Przypuszcza się, że był zaangażowany w przemyt i ukrywanie osób pochodzenia żydowskiego – twierdzi Karol Madaj. Stanisław Galas, jeden z tych, którzy ratowali Żydów, wskazuje ks. Godlewskiego jako osobę, z którą współpracował w załatwianiu metryk chrztu.
Tuż po wojnie wystosowuje jeszcze płomienny apel o odbudowę swojego kościoła. – W ulotce do komitetów domowych pisze o szatanach niemieckich, którzy mu zniszczyli kościół Wszystkich Świętych. Mimo że był to rok 1945, niewyobrażalne zniszczenia i bieda, zdecydował się prosić o wsparcie – opowiada Karol Madaj. Ks. Godlewski umiera w Boże Narodzenie 1945 r.
Długo czekał na docenienie. Starania, by otrzymał tytuł Sprawiedliwy wśród Narodów Świata trwały już od końca lat 80. W Żydowskim Instytucie Historycznym dokumenty i świadectwa z dużą determinacją i oddaniem zbierała Janina Sacharewicz. W styczniu 2004 r. umiera David Efrati, który w Yad Vashem był referentem sprawy ks. Godlewskiego. Był on jednocześnie – według słów Stanisława Galasa – jednym z tych, którzy uratowali się dzięki wydanej przez księdza metryce. Sprawa przyznania medalu utknęła w miejscu.
Wrócił do niej w 2008 r. Karol Madaj, który zainteresował się postacią księdza. Teczkę z Żydowskiego Instytutu Historycznego – uzupełnioną o nowe dokumenty, między innymi testament księdza – ponownie przesłał do instytutu Yad Vashem. W lipcu ub.r. kolegium instytutu przyznało ks. Godlewskiemu tytuł Sprawiedliwego wśród Narodów Świata. Karol Madaj i Małgorzata Żuławnik przygotowują biografię księdza. W marcu ukaże się specjalny dodatek do biuletynu IPN poświęcony jego postaci. Odznaczenie w imieniu ks. Marcelego Godlewskiego prawdopodobnie przyjmie metropolita warszawski arcybiskup Kazimierz Nycz.
