Pod koniec lutego 1799 r. Francuzi toczyli zacięte walki z Mamelukami w Gazie, zakończone ostatecznie zwycięstwem wojsk napoleońskich. 3 marca Napoleon dotarł do Jaffy, w której, jak donosili zwiadowcy, ukrywało się ok. 12 tysięcy żołnierzy tureckich. W rzeczywistości, jak pisał Doguereau: „Byli tam Maghrebczycy, Albańczycy, Kurdowie, Anatolijczycy, Ormianie, Damasceńczycy, Alepczycy i Murzyni z Takrouru”.
7 marca Napoleon napisał list do dowództwa obrony Jaffy, w którym uprzejmie poprosił o kapitulację. W płaczliwym tonie napisał: „Serce mi się trwoży na myśl o tym, jakie nieszczęścia spadną na miasto, jeśli dojdzie do szturmu”. Nie kłamał. Pamiętał doskonale, co się działo w Kairze pół roku wcześniej.