Szereg postanowień dotyczących ludności żydowskiej znajdujemy w ustawodawstwie kościelnym, przede wszystkim postanowieniach synodów (prowincjonalnych i diecezjalnych) oraz listach pasterskich biskupów. Najczęściej synody nakładały na Żydów następujące ograniczenia: zakaz naprawiania starych i wznoszenia nowych synagog bez zezwolenia biskupa, zakaz posiadania domów wspólnie z chrześcijanami, konieczność odpowiedniego oddalenia domów żydowskich od chrześcijańskich, konieczność unikania przez chrześcijan zamieszkiwania z Żydami pod jednym dachem, nakaz ograniczenia liczebności Żydów w poszczególnych ośrodkach, konieczność wnoszenia przez Żydów opłat na rzecz lokalnego kleru (tzw. podatek pro tolerantia), zakaz sprawowania przez Żydów urzędów publicznych, zakaz dzierżawienia wsi, majątków ziemskich czy karczem, zwłaszcza jeśli znajdują się one na terenie majątków kościelnych. Żydom nie wolno było także zatrudniać chrześcijańskiej służby, pracować ani handlować publicznie podczas świąt chrześcijańskich, publicznie opłakiwać zmarłych, urządzać ślubów, eksponować swoich symboli religijnych.Stałe zainteresowanie Kościoła katolickiego budziło nawracanie Żydów, a największe ich europejskie skupisko w Rzeczypospolitej stanowiło szczególne warunki do działalności misyjnej. Prowadziły ją przede wszystkim zakony (m.in. karmelici i jezuici), niekiedy duchowieństwo parafialne i osoby świeckie. Efekty tych akcji były dość nikłe. Misjonarze najczęściej nie znali języka i obyczajów społeczności żydowskiej. Jedną z form prowadzenia akcji chrystianizacyjnej było porywanie i chrzczenie dzieci żydowskich, na co narażone były nie tylko dzieci biedaków, ale również dzieci bogatych i wpływowych osobistości. Działalność tę wspierał autorytet papieski, bulla Benedykta XIV z 1747 r. przyznawała dzieciom po ukończeniu siódmego roku życia prawo do podejmowania decyzji dotyczących zmiany religii. Z drugiej strony również Żydzi stosowali podobne metody, uprowadzając szykujących się do chrztu współwyznawców oraz świeżo ochrzczonych neofitów.
Jedną z form prowadzenia akcji chrystianizacyjnej było porywanie i chrzczenie dzieci żydowskich, na co narażone były nie tylko dzieci biedaków, ale również dzieci bogatych i wpływowych osobistości
Połowa XVIII w. przyniosła zintensyfikowanie akcji misyjnej wśród Żydów, zwłaszcza na południowo-wschodnich terenach Rzeczypospolitej. Jednym z najbardziej zaangażowanych w działalność misyjną wśród Żydów był m.in. Franciszek Antoni Kobielski, biskup kamieniecki (1736 – 1739), a potem łucki (1739 – 1755), autor listów pasterskich, nawołujących Żydów do porzucenia judaizmu, osobiście wygłaszał kazania w synagogach, a duchownym nakazywał, żeby czynili to samo raz na kwartał. Niepowodzenie akcji chrystianizacyjnej spowodowało, że nabrał niechęci do Żydów i na terenie swojej diecezji zaczął stosować wobec nich różne represje.
Władze miast starały się ograniczyć liczbę swoich żydowskich mieszkańców. Wyznaczały limit domów, które Żydzi mogli posiadać, nakazywały im zamieszkiwać wyłącznie na jednej ulicy czy w dzielnicy żydowskiej
Inny, bardzo istotny element relacji między Kościołem katolickim a Żydami stanowiły powiązania ekonomiczne. W praktyce duchowieństwo zdawało sobie sprawę z użyteczności gospodarczej Żydów i czasem, wbrew zakazom, osadzało ich w swoich posiadłościach (przykładem Sejny, gdzie tamtejsi dominikanie w końcu XVIII w. sprowadzili Żydów i zbudowali im synagogę). Istotne były także więzi finansowe. Od XVII w. wyraźnie widoczne jest odejście Żydów od działalności kredytowej, z kredytorów stali się kredytobiorcami. Instytucje żydowskie chętnie pożyczały pieniądze od duchowieństwa, zarówno pojedynczych osób, jak i instytucji kościelnych, zwłaszcza zakonów. Spowodowane to było korzystnymi warunkami udzielania kredytu: podczas gdy szlachta żądała rat w wysokości 10 proc., przy pożyczkach od Kościoła wynosiły one od 3,5 proc. do 8 proc. (najczęściej 7 proc.). Powszechną praktykę stanowiły zapisy na rzecz Kościoła „lokowane na synagogach” (czyli powierzane gminom żydowskim). Zabezpieczeniem takich pożyczek były nieruchomości gminne.
