Wbrew intencjom założycieli szybko stała się ona kuźnią patriotycznej inteligencji żydowskiej, która nie tylko działała na rzecz asymilacji Żydów, ale aktywnie poparła polskie dążenia niepodległościowe.

Duże zasługi na polu asymilacji i kształcenia młodzieży żydowskiej w tym duchu miał długoletni dyrektor tej szkoły Antoni Eisenbaum (1791 – 1852), notabene pradziadek wybitnego poety Bolesława Leśmiana. Był on zdeklarowanym zwolennikiem asymilacji. Jego postawa i działania reformatorskie wywoływały gorące protesty ortodoksów, m.in. zarzucano mu nieprzestrzeganie prawa religijnego w szkole. Po jego śmierci powodem wieloletniego sporu w środowisku warszawskich Żydów było wystawienie w 1855 r. przez uczniów szkoły na jego grobie pomnika z napisem w języku polskim. Był to pierwszy taki nagrobek na warszawskim cmentarzu Żydowskim.

Wśród uczniów warszawskiej Szkoły Rabinów było wielu wybitnych działaczy politycznych, społecznych, twórców kultury polskiej (m.in. Samuel Orgelbrand, wydawca 28-tomowej „Encyklopedii powszechnej” i Franciszek Salezy (Samuel) Lewental, wydawca dzieł Kraszewskiego, Orzeszkowej, tygodnika „Kłosy”. W miesiącach poprzedzających wybuch powstania styczniowego w 1863 r. wszyscy oni aktywnie zaangażowali się i opowiedzieli za polskim ruchem niepodległościowym. Dużą rolę odegrali rabin Warszawy Dow Ber Meiseles (1798 – 1878) i kaznodzieje: Markus Mordechaj Jastrow (1829 – 1903) i Izaak Kramsztyk (1814 – 1889) – zwolennicy zbratania polsko-żydowskiego. Wygłaszali oni w warszawskich synagogach w języku polskim płomienne kazania, w których nawoływali Żydów do poparcia polskich dążeń niepodległościowych.

Kiedy w czasie tłumienia jednej z takich manifestacji żołnierze rosyjscy dokonali profanacji warszawskich świątyń katolickich, rabini na znak protestu i solidarności z duchowieństwem katolickim nakazali zamknięcie warszawskich synagog. Tę demonstrację polityczną przypłacili nie tylko pozbawieniem stanowisk, ale uwięzieniem, a następnie wydaleniem z Królestwa Polskiego. Symbolem zbratania polsko-żydowskiego stał się uczeń Szkoły Rabinów i Gimnazjum Realnego w Warszawie Michał Landy (1844 – 1861), który w czasie manifestacji patriotycznej 8 kwietnia 1861 r., niosąc krzyż, został śmiertelnie ranny.

Asymilacja polskich Żydów trwała przez cały XIX w., a i w 20-leciu międzywojennym jej program miał wielu zwolenników. XX-wieczni asymilatorzy wiernie trzymali się poglądów swoich poprzedników. Byli to ludzie, którzy sami (ich rodzice lub dziadkowie) wyszli z getta, którzy swój awans społeczny zawdzięczali nieraz z wysiłkiem zdobytemu wykształceniu i zerwaniu z tradycyjnymi obyczajami. Byli głęboko przekonani, że ich własne doświadczenie życiowe może posłużyć za wzór osiągnięcia emancypacji mas żydowskich. Sądzili, że gdy masy te ulegną językowej i kulturalnej polonizacji, gdy ich życie religijne zostanie zreformowane, to i struktura gospodarcza przeobrazi się i Żydzi staną się Polakami wyznania mojżeszowego, częścią składową polskiej zbiorowości narodowej. Niestety, nadzieje te nie ziściły się w wymiarze, jakiego oczekiwano.