Początki zakonu sięgają czasu krucjat. Jego zalążkiem było bractwo, założone w Jerozolimie w XI wieku przez kupców z włoskiego miasta Amalfi, które za patrona przyjęło św. Jana Chrzciciela. Już wówczas bractwo prowadziło hospicjum dla pielgrzymów odwiedzających Ziemię Świętą. Kiedy krzyżowcy utracili tam zamki i posiadłości, przenieśli się na Cypr, a w XIV wieku utworzyli państwo na Rodos. W XVI wieku osiedlili się na Malcie.
Suwerenny Zakon Szpitalników św. Jana Jerozolimskiego zwany Rodyjskim i Maltańskim jest więc jednym z najstarszych katolickich zakonów rycerskich. W przeszłości walczyli w obronie wiary. Ich galery na Morzu Śródziemnym siały postrach wśród korsarzy i muzułmanów z imperium otomańskiego. Współcześnie przede wszystkim pamiętamy o zasługach zakonu w rozwoju szpitalnictwa i humanitarnej pomocy dla potrzebujących.
Dziś Zakon Maltański ma podwójny status – zakonu religijnego, podlegającego Ojcu Świętemu, oraz suwerennej monarchii konstytucyjnej (jej funkcjonowanie określa Karta konstytucyjna z 1960 roku). Jego siedzibami są Villa dei Cavalieri di Malta i pałac Wielkiego Mistrza w Rzymie oraz konkatedra św. Jana Chrzciciela w Valletcie i zamek św. Anioła w Birgu na Malcie. Wielkim Mistrzem, 79. z kolei, jest Fra Matthew Festing, który gościł na Zamku Królewskim podczas otwarcia wystawy.
Na ziemie polskie Zakon trafił w 1154 r., kiedy Henryk sandomierski, jeden z synów Bolesława Krzywoustego, założył komandorię w Zagości koło Wiślicy. Wkrótce powstały następne na Pomorzu, w Wielkopolsce i na Śląsku. O działalności zakonu w Polsce przypominają m.in. kościoły. Bożego Ciała we Wrocławiu, w Stargardzie Szczecińskim.