Straty egipskie oceniane są na 7 – 10 tys. zabitych, 50 – 70 tys. rannych i wziętych do niewoli. Jordania straciła ok. 6 tys. zabitych i zaginionych, a liczba rannych i jeńców szacowana jest na 2 tys. Straty syryjskie to 2 tys. zabitych i ok. 3 tys. rannych i jeńców. Izrael zaś stracił według źródeł oficjalnych jedynie 766 zabitych i 2563 rannych.
Izrael zajął obszary o pow. 65 tys. km kw., w tym Strefę Gazy oraz półwysep Synaj. Zlikwidowano bazy wypadowe fedainów palestyńskich nękających terytorium Izraela, otwarto dla żeglugi izraelskiej zatokę Akaba, odsunięto zagrożenie od centrum państwa żydowskiego. Z kolei zajęcie Starego Miasta w Jerozolimie, gdzie znajdowało się najważniejsze sanktuarium żydowskie, miało olbrzymie znaczenie psychologiczne.
Niemniej jednak politycznie Izraelczycy zapłacili dużą cenę za swój triumf. Pokonani w walce Arabowie i ich upokorzeni klęską przywódcy nie zamierzali pogodzić się z faktami dokonanymi. Wbrew rachubom Izraela wojna nie zakończyła się podpisaniem rozejmów, lecz przerodziła się w wyniszczający konflikt, zwany wojną tysiąca dni. Równocześnie przy pomocy Związku Sowieckiego, dla którego – jako protektora i głównego dostawcy broni dla państw arabskich – wynik konfliktu był prestiżową porażką, rozpoczęła się intensywna odbudowa potencjału militarnego Egiptu i Syrii. Zrozumiałe pragnienie odwetu i odzyskania Świętego Miasta stały się głównymi ideami jednoczącymi Arabów. Śmiało można powiedzieć, że wojna sześciodniowa stanowiła zaledwie preludium do wojny Jom Kippur z 1973 roku.
Konflikt stał się także pretekstem do zerwania stosunków dyplomatycznych z Izraelem przez wszystkie państwa bloku komunistycznego z wyjątkiem Rumunii. Jego pokłosiem w Polsce była kampania antysyjonistyczna rozpętana przez Władysława Gomułkę i jego ekipę.
