Po niezbędnych naprawach i uzupełnieniu załóg nastąpił bogaty w obserwacje o życiu hiszpańskiej kolonii wypad do Manili, gdzie dotarła wieść o penetrującej chińskie morza eskadrze kontradmirała d’Entrecasteaux. 9 kwietnia „La Boussole” i „L’Astrolabe” ruszyły na eksplorację przybrzeżnych wód Chin i Japonii, „jedynej części globu, która umknęła niezmordowanej aktywności kapitana Cooka”. Po dwóch miesiącach La Pérouse mógł oglądać mapę tego regionu i skierować się ku brzegom Kraju Nadamurskiego, zwanego wciąż Tatarią. Od życzliwych mieszkańców Sachalinu Francuzi dowiedzieli się o 40-kilometrowej cieśninie oddzielającej rosyjską wyspę od japońskiego Hokkaido, a łączącej Morze Japońskie z Morzem Ochockim. Otrzyma ona później miano Cieśniny La Pérouse’a... W goszczącym gubernatora Kamczatki Pietropawłowsku dotarła do żeglarzy poczta z Francji (w tym nominacja dowódcy na wiceadmirała), tu też kończył podróż młody Lesseps, który wróci do Europy przez Syberię, ocaliwszy (co za szczęśliwy los!) mapy La Pérouse’a i... siebie samego. On i niejaki Mong, wysadzony na ląd z powodu choroby, byli jedynymi ocalałymi.
Trzeci rok ekspedycji wypełnić miały, według paryskich jeszcze planów, badania Oceanii, toteż w październiku 1787 roku Francuzi ruszyli z gościnnej Kamczatki na południe. Postój na poznanych już przez Bougainville’a wyspach Samoa z pewnością umiliły żeglarzom kobiety oferujące w zamian za paciorki owoce, kury i... siebie. Dowódca mógł tylko obserwować zbiorowy amok swych ludzi.
21 listopada, podczas wyprawy po wodę, nieoczekiwanie zaatakowali tubylcy. Pomny królewskich instrukcji Fleuriot de Langle zwlekał z otwarciem ognia („padł ofiarą swej dobroci” – napisze o przyjacielu zatroskany La Pérouse), co skończyło się masakrą Francuzów. Zginął de Lange, Lamanona i dziesięciu innych żeglarzy; ciężko ranny ojciec Receveur umarł po kilku tygodniach. Zatroskany o sprawiedliwość wobec nieświadomych wagi czynu „dzikich”, dowódca wyprawy poniechał zemsty, a w końcu stycznia uspokajał kolonistów znad australijskiego Botany Bay, przestraszonych wizją burbońskiej inwazji. Właśnie stamtąd 7 lutego 1788 roku wypłynął do Wersalu ostatni list francuskiego podróżnika.
Potwierdzał on program i harmonogram najbliższych badań: wyspy Tonga, Nowa Kaledonia, Santa-Cruz de Mendana, Wyspy Salomona, wybrzeża Nowej Gwinei i Australii... Wszystko zakończyć się miało grudniowym przybiciem do wybrzeży Mauritiusa, a stamtąd wszystkie (bezpieczne) szlaki prowadzić mogły do Francji. Nie poprowadziły... Fatum ciążące nad Francuzami nie dało szans „La Boussole” i „L’Astrolabe”, zatopionym na podwodnych rafach wyspy Vanikoro, należącej do archipelagu Santa-Cruz. To wiemy jednak dziś. Dla współczesnych obie fregaty po prostu zniknęły. I to na czterdzieści lat.
Już w 1791 roku Zgromadzenie Narodowe podjęło uchwałę o wysłaniu wyprawy mającej na celu „odszukanie pana de La Pérouse zgodnie z otrzymanymi dokumentami, instrukcjami i jednocześnie przeprowadzenie badań w zakresie wiedzy i handlu w taki sposób, by niezależnie od poszukiwań pana de La Pérouse i nawet po jego odszukaniu lub uzyskaniu wiadomości o nim wyprawa ta przyniosła korzyści i pożytek nawigacji, geografii, handlowi, sztuce i nauce”. Wysłana we wrześniu tego roku śladem La Pérouse’a ekspedycja kontradmirała d’Entrecasteaux nie natrafiła jednak na żaden ślad, a 20 lipca 1792 roku zmarł jej dowódca. Nie można więc było zaspokoić ciekawości (i wyrzutów sumienia) obalonego we wrześniu Ludwika XVI, który ponoć idąc na ścięcie, pytał jeszcze strażników o La Pérouse’a.
Ważnym śladem był pozostawiony w Australii dziennik pokładowy zabrany przez Anglików.
W 1827 roku irlandzki kapitan Peter Dillon rozpoznał u mieszkańca wyspy Tikopia srebrną rękojeść szpady, która mogła należeć do francuskiego oficera. Dowiedział się wówczas, że tak jak inne przedmioty pochodzi ona z sąsiedniej wyspy Vanikoro, której tajemnicy nie domyślił się odwiedzający ją d’Entrecasteaux. Nasłuchawszy się o katastrofie okrętu i zjedzeniu załogi przez tubylców oraz o próbach ratowania się drugiej, Dillon odnalazł resztki fregaty (nie mógł jednak określić której), w tym odlany w 1785 roku dzwon z gmerkiem ludwisarni z Brestu oraz kotwice. Przewiezienie tych żeglarskich relikwii do Francji zapewniło mu deszcz nagród ze strony Karola X, z Legią Honorową włącznie. Należąca do samego La Pérouse’a rękojeść szpady znajduje się dziś w paryskim Muzeum Marynarki.
Z odkryciami Dilliona rozminął się Jean-Sébastien-César Dumont d’Urville, zwany chartem mórz. 25 kwietnia 1826 roku ruszył on korwetą „Astrolabe” szukać śladów La Pérouse’a i zarazem badać Polinezję. Dopiero z przeczytanej na Tasmanii gazety dowiedział się o Dillonie, ale już nie o jego wizycie na Vanikoro. Badania przybrzeżnych wód fatalnej wyspy (luty 1828 roku) pozwoliły podnieść z dna jedno działo i kotwicę. Miejsce katastrofy Dumont upamiętnił prowizorycznym pomnikiem.
O ile dzieło naukowe jego wyprawy było imponujące (doskonałe mapy, sukcesy w odróżnieniu ludów polinezyjskich i melanezyjskich oraz ich języków, 1600 roślin i 900 próbek skalnych), o tyle wtórne wobec sukcesu Dillona efekty „sprawy La Pérouse’a” mocno rozczarowały Dumonta. Pocieszyć go mogły jedynie nowe wyprawy, zakończone w 1840 roku awansem na kontradmirała i odkryciem lądu, nazwanego na cześć żony Ziemią Adeli. Los nie pozwolił żeglarzowi, który trzykrotnie opłynął świat, umrzeć we własnym łóżku. Fatum ciążące nad francuskimi odkrywcami zadziałało znów 8 maja 1842 roku, czyniąc z podróżnika, jego ukochanej Adeli oraz ich syna ofiary jednej z pierwszych francuskich katastrof kolejowych.
Badania na Vanikoro wznowiono w latach 50. ubiegłego wieku, a płetwonurkowie wyłowili w 1959 roku... przywiezionego z Kamczatki rosyjskiego rubla. Kolejne badania potwierdziły opowieści tubylców o ocaleniu części rozbitków. W 1999 roku archeolodzy odnaleźli resztki ceramiki i ślady obozowiska dla pięćdziesiątki rozbitków używających przedmiotów niezamoczonych w morzu. Pięć lat temu nurkowie wydobyli szkielet trzydziestoletniego Europejczyka... Długo nie udało się jednak zidentyfikować wraków fregat. Dopiero w 2005 roku 130-osobowa ekipa (z lekarzem anatomopatologiem, geofizykiem, lingwistą oraz archeologami), działająca z transportowca wojskowego „Jacques Cartier” i za pomocą podwodnego robota, zdołała wydobyć ponad 400 przedmiotów, w tym działo z „L’Astrolabe”. Decydujące okazało się odnalezienie sekstantu z nazwiskiem Merciera. Wiadomo bowiem, że jedyny taki instrument (była to testowana nowość) płynął na „La Boussole”, a pedantyczna ręka dopisała w inwentarzu: „wykonany przez sieur Merciera”. Rychło potem odnaleziony został kwadrant astronoma z „La Boussole” Lepaute’a d’Angleta.
Co w ekipie robił lingwista? W języku miejscowych zachowało się np. słowo „Kassulé”, sugerujące pochodzenie od francuskiej potrawy cassoulet, a zachowany w legendzie szef Francuzów nazywać się miał Pilo, co może dowodzić ocalenia pilota. Wedle lokalnej tradycji rozbitkowie opuścili wyspę na łodziach, pozostawiwszy dwóch niezdolnych do drogi towarzyszy. Grób ostatniego Europejczyka (zmarł ok. 1800 roku) został pochłonięty przez zarośla i nie sposób go odnaleźć.
Andrzej Nieuważny, historyk z Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu oraz Akademii Humanistycznej im. Aleksandra Gieysztora w Pułtusku