Kiedy nawet Kościuszko przystąpił do wrogich wodzowi Legionów radykałów, zwolennicy Dąbrowskiego podjęli kontratak polityczny. Doprowadzili też do skazania jednego z oszczerców – Józefa Neymana. W sporach tych (może przez zapatrzenie w Kościuszkę, a może po własnych doświadczeniach), Berek sprzyjał krytykom Dąbrowskiego.
Toteż, gdy za poparciem Kościuszki Francuzi zgodzili się w 1799 r. na powstanie Legii zwanej Naddunajską (gdyż znad Renu przez Dunaj wiodła najkrótsza droga do Polski), Joselewicza ucieszyło przeniesienie do niej ułanów. Tym bardziej że na czele Legii stanął życzliwy mu Kniaziewicz, za którym szli wybitni oficerowie legionowi: Józef Drzewiecki, Stanisław Fiszer i Michał Sokolnicki.
Objęcie władzy przez Bonapartego (listopad 1799 r.) wróżyć mogło zwycięstwa, a Dąbrowski doprowadził do przejścia Legionów na żołd francuski i szybszej odbudowy Legii Włoskiej. W 1800 r. ponad 5 tys. żołnierzy Legii Naddunajskiej walczyło już w Nadrenii, a 3 grudnia przyczynili się do ważnego zwycięstwa gen. Moreau pod Hohenlinden. Dla Berka to czas nowej wojennej przygody, ale i ciężkich przeżyć. Choć wkupując się w towarzystwo, odstąpił starszeństwo wpływowym oficerom, skarżył się Kościuszce na krzywdę. Zaś szlacheckie w większości grono oficerskie i tak dało odczuć koledze jego żydostwo. Oburzony Kniaziewicz pisał: „Zazdrość rang, przesądy stanu i urodzenia, wszystko tu widzieć się daje. Berek Joselewicz, co w Polsce był pułkownikiem, co dwie kampanie we Włoszech odprawił, tu przybywszy, tym dobrowolnie starszeństwa odstąpił, którzy tu żadnej kampanii nie odprawili, dlatego jednak prześladować go nie przestają, któremu jednak niczego więcej zarzucić nie można jak to, że się nieszlachcicem urodził”.
