Upojeni łatwym zwycięstwem oficerowie teksascy próbowali podjąć ofensywę na Matamaros. Dopiero twarda postawa Sama Houstona, który zdawał sobie sprawę z przewagi wojsk Santa Anny, sprawiła, że zarzucono nierealny zamiar.
Houston chciał się wycofać do wschodnich, lesistych obszarów Teksasu. Tam zamierzał przemienić gromadę niesfornych ochotników w wojsko z prawdziwego zdarzenia, bronić się, wykorzystując przeszkody naturalne, i w sprzyjających okolicznościach atakować rozciągnięte linie komunikacyjne wroga. Liczył również na pomoc USA. Zdołał przekonać oficerów do tego planu.
19 stycznia 1836 roku zjawił się w Alamo Jim Bowie, sławny na całym pograniczu meksykańsko-amerykańskim nożownik, awanturnik i spekulant ziemią, jeden z przywódców teksaskiej milicji, współautor zwycięstwa w bitwie o trawę. Miał zniszczyć fortyfikacje misji oraz ewakuować ludzi i działa do Gonzales. Po rozmowie z komendantem garnizonu ppłk. Neillem zmienił zdanie. Zdawał sobie sprawę, że Alamo będzie pierwszym celem kontrakcji Santa Anny, a mimo to postanowił zostać i walczyć. Wierzył w swą szczęśliwą gwiazdę. W piśmie do gubernatora Smitha pisał: „Raczej umrzemy za tymi murami, niż oddamy je wrogowi”. Miał zresztą niewiele do stracenia – trawiła go zabójcza gruźlica.
Zlekceważony Houston podał się do dymisji, której jednak nie przyjęto. Mimo to usunął się na pewien czas i cały wysiłek skierował na negocjowanie pokoju z Czirokezami.
Bowie przyprowadził do Alamo 30 zbrojnych, a Neill miał zaledwie 80 żołnierzy. Reszta głodnego, nieopłaconego i zniechęconego garnizonu zdezerterowała. W arsenale znajdowały się spore zapasy broni, amunicji i 21 armat. Źle za to wyglądały umocnienia dawnej katolickiej misji, przemianowanej z czasem na wojskowy fort. Jego centrum stanowił przecięty rowem prostokątny plac, wokół którego wznosiły się koszary, budynki gospodarcze, zagrody dla bydła i koni, szpital oraz zrujnowana kaplica. Całość otaczał częściowo zwalony kamienny mur – wysoki na 2,7 – 3,6 m i gruby na 0,9 – 1,2 m. Najpilniejszym problemem było przystosowanie misji do obrony. Wzniesiono barykady w wyrwach muru oraz platformy ziemne, na których miały stanąć działa. Podczas gorączkowych prac fortyfikacyjnych, 3 lutego do fortu przyjechał mianowany nowym dowódcą ppłk William B. Travis z zadaniem ewakuowania załogi. Zobaczywszy zapał żołnierzy, podobnie jak Bowie, zdecydował się zostać w miejscu, które uważał za klucz do Teksasu. Przystąpił do pracy, rozsyłał energiczne apele o pomoc i wezwał stacjonującego w Goliad płk. Fannina, by przybył czym prędzej wraz ze swymi 450 ludźmi. Fannin bał się zaryzykować marsz do Alamo, za to 8 lutego zjawił się na czele 12 ludzi legendarny już za życia traper Davy Crockett. Po nich przybyło jeszcze 20 ochotników z San Antonio. Dzięki temu załoga fortu wzrosła do 175 żołnierzy. Jednak aby zapewnić pełną obsadę fortyfikacji, potrzeba było co najmniej pięć razy tyle. Na dodatek urażony odebraniem dowództwa Neill opuścił Alamo. Rozgorzał teraz spór o komendę pomiędzy Travisem a Bowiem – rozstrzygnęła go choroba, która powaliła Bowiego.