W jej rodzinie przechowywano tradycje pochodzenia po kądzieli od wnuczki Kazimierza Wielkiego – też Elżbiety, żony cesarza Karola IV, a matki Zygmunta Luksemburczyka – niedoszłego króla Polski. Elżbieta Rakuszanka przyszła na świat jako trzecie z czworga dzieci księcia austriackiego Albrechta V Habsburga, od grudnia 1437 r. króla Węgier i Czech, a od 18 marca 1438 r. obranego pod imieniem Albrecht II królem rzymsko-niemieckim, oraz Elżbiety, jedynej córki cesarza Zygmunta Luksemburskiego, króla Czech i Węgier. Elżbieta Rakuszanka spokrewniona była z Anna Cylejską, trzecią żoną Jagiełły, a nawet w dalekim stopniu z Jadwigą Andegaweńską, która dzisiaj jest wpisana w poczet świętych.
Trudne dzieciństwo księżniczki
Skąd przydomek Rakuszanka? W tamtych czasach Austrią nazywano jedynie ziemie wokół rzeki Enns ciągnące się po Las Wiedeński, a więc dzisiejszą Austrię Górną i Dolną z Wiedniem, których władcą był ojciec Elżbiety. Dawna Austria nosiła nazwę Rakuzy, stąd w polskiej historiografii Elżbieta nazywana jest wymiennie Rakuską lub Rakuszanką. Po różnorakich ustaleniach historycy doszli do wniosku, że Rakuszanka urodziła się w pierwszej połowie 1436 roku. Jako córa domu habsburskiego nazywana jest także Elżbietą Habsburżanką.

Po niespodziewanej śmierci ojca, Albrechta II, jej matka królowa Elżbieta postanowiła przejąć władzę dla swego nienarodzonego jeszcze syna, który będzie nazywany Władysławem Pogrobowcem. Jednak w styczniu 1440 roku sejm węgierski w Budzie powołał na tron węgierski króla Polski Władysława Jagiellończyka, później nazwanego Warneńczykiem. Mała księżniczka Elżbieta, przeżywając początki rywalizacji rodzinnej o koronę, nie mogła mieć pojęcia, że oto niebawem rozpocznie się wojna domowa jej matki z jej przyszłym szwagrem. Ba! Barbara Cylejska, cesarzowa Zygmuntowa, widząc, że miesiące życia cesarza są policzone, pragnęła wyjść za Władysława Jagiellończyka (Warneńczyka), co – gdy wyszło na jaw – spowodowało wybuch gniewu u cesarza i za-mknięcie małżonki do lochu. Albrecht zamienił jej wkrótce więzienie na banicję: wygnańcze lata spędziła więc w Sandomierzu... I pomyśleć, że Władysław miał zaledwie lat dwanaście, gdy Barbara cesarzowa swoje małżeńskie plany z nim roiła! Żeby tego było mało, dodać trzeba, że na pewnym etapie rywalizacji Jagiellończyka z cię-żarną Elżbietą pożenić chciano Władysława. Syn Jagiełłowy byłby zatem ojczymem Elżbiety. I zapewne do małżeństwa z jego bra-tem Kazimierzem nigdy by nie doszło.
Mała Elżbieta miała niespełna 4 lata, gdy 20 stycznia 1440 roku urodził się jej brat Władysław Pogrobowiec. Jego matka zgłosiła synowe prawa do tronu i rozpoczęła wojnę z Jagiellonem. Przyszła polska królowa często musiała słyszeć o tych walkach, co opisała zresztą jej piastunka Helena Kottanerin. To wszak ona, z narażeniem życia, wykradła koronę św. Stefana z opieczętowanej skrzyni na zamku wyszehradzkim. Kottanerin była nie tylko nauczycielką małej Elżbietki, ale także uznanym kronikarzem wydarzeń. Dzięki jej zapisom wiemy, że na chrzcie Pogrobowca mała królewna po raz pierwszy pokazała się bez żałoby po ojcu w czerwonej sukience. Wydarzenie to nastąpiło na dzień św. Zofii 1440 roku w Białogrodzie. Kottanerin podaje nawet takie szczegóły, że dziewczynkę zaprowadzono na chór, gdzie stała przy organach, bo obawiano się, że ciekawscy ją stratują. Całą katedrę wypełniły krzyki i płacz 12-tygodniowego monarchy. Ulryk Cyllejski trzymał nad nim koronę, a przysięgę w zastępstwie syna składała królowa-matka. Kiedy niemowlę miano pasować na rycerza, jego matka z przerażeniem zawołała: „W imię Boga, niech nie czuje bólu". Symbolicznie uderzono wtedy piastunkę.