W połowie listopada 2007 r. do Zespołu ds. Niewykrytych Zabójstw Komendy Wojewódzkiej Policji w Krakowie wpłynęło pismo z prokuratury okręgowej zlecające analizę okoliczności zgonu Stanisława Pyjasa w nocy z 6 na 7 maja 1977 r. Policjanci z Archiwum X mieli ustalić, „czy w zebranym materiale dowodowym znajdują się przesłanki do takiej kwalifikacji prawnej śmierci" krakowskiego studenta, które w przyszłości pozwolą na zatrzymanie i osądzenie sprawców zbrodni.
Cztery miesiące później 14-stronicowy dokument był gotowy. Według policjantów śmiercią Pyjasa mogli być przede wszystkim zainteresowani ci, którzy chcieli uchronić przed dekonspiracją cennego agenta w szeregach ówczesnej krakowskiej opozycji o pseudonimach: Ketman vel Return, którym był „jeden z najbliższych kolegów Stanisława Pyjasa Lesław M.".
Policjanci odtworzyli też ostatnie godziny życia Pyjasa. Podkreślali, że kluczowy dla przebiegu analizowanego zdarzenia był fakt wyeliminowania 6 maja 1977 r. z grona osób, które mogłyby dłużej przebywać w towarzystwie Pyjasa – Bronisława Wildsteina. Osoby, którym „zależało na pozbyciu się z tego świata osoby Stanisława Pyjasa", musiały się „liczyć z tym, że przebywający zazwyczaj w jego towarzystwie Bronisław Wildstein będzie do końca bronił przyjaciela, a wynik walki może być różny" – pisali w analizie.
IPN wykorzystał wprawdzie w śledztwie „analizę akt sprawy wykonaną przez funkcjonariuszy KWP w Krakowie", ale policjantów z „Archiwum X" nie włączono do postępowania.
Zaskoczony jest tym mecenas Stefan Hambura, od maja 2017 r. pełnomocnik jednej z sióstr Stanisława Pyjasa. Podkreśla, że w prowadzonym przez IPN śledztwie mogły zostać też pominięte inne dowody, np. dokumenty z archiwum b. Stasi w Berlinie. – Tego nie sprawdzono – podkreśla.
