Ludobójstwo nie jest „wynalazkiem” czasów współczesnych, do takich zbrodni dochodziło w zasadzie od niepamiętnych czasów. Inicjowały je zawsze jakieś chore ideologie, w których nie było miejsca dla prawdziwych lub wyimaginowanych przeciwników. W średniowieczu taką rolę zazwyczaj odgrywała religia, później temat zdominowały wszelkiego rodzaju niebezpieczne „izmy”. Kto dziś pamięta o plemionach Prusów, Jadźwingów czy Galindów, zamieszkujących obszar dzisiejszej Warmii i Mazur? Krzyżacy, podbijając te ziemie w XIII w., dokonali całkowitej eksterminacji tych plemion; do dzisiaj pozostały po nich jedynie ślady w niektórych nazwach geograficznych oraz, co jest historycznym szyderstwem, w nazwie, jakiej zaczęli z czasem używać potomkowie oprawców, na określenie kraju z jakiego pochodzą (Prusy). Wielu historyków za ludobójstwo uważa również krucjaty przeciwko katarom w południowej Francji organizowane na początku XIII w. przez papieża Innocentego III. Po słynnej rzezi w Béziers legat papieski meldował: „Dzisiaj, Wasza Świątobliwość, dwadzieścia tysięcy mieszkańców wydano mieczowi, niezależnie od posady, wieku czy płci”.