Wtedy też zmieniło się dowództwo. Dotychczasowego oficera odpowiedzialnego za obronę miasta, pułkownika Jana Siedleckiego, zastąpił generał brygady w stanie spoczynku Wacław Przeździecki. Miał rozkaz Naczelnego Dowództwa, aby prowadzić obronę, dokąd będzie to możliwe, a potem zarządzić ewakuację miasta – miało to zapobiec rzezi. Przeździecki nie mógł wiele zrobić, pozostawało mu tylko zadbać o morale obrońców. Skoordynował więc siły obrony, wzmocnione cywilami, którzy ochoczo zgłosili się do wojska, oraz oddziały harcerzy.
Żywe tarcze
Armia Czerwona dysponowała większą siłą bojową – kilkanaście tysięcy żołnierzy, czyli trzy lub cztery razy więcej niż obrońcy miasta. Miała przewagę również w sprzęcie: lepszą broń maszynową i czołgi, które Polakom ciężko było zwalczać. Do obrony wykorzystano więc działa przeciwlotnicze. Grodnianie górowali nad Sowietami hartem ducha. Mimo niedoborów broni i amunicji od pierwszych minut stawiali zacięty opór. A brak broni przeciwpancernej szybko zrekompensowali sobie… butelkami wypełnionymi mieszankami wybuchowymi. Już w pierwszych dniach września 1939 roku, spodziewając się sowieckiego ataku, polscy wojskowi zorganizowali przeszkolenie z posługiwania się takimi butelkowymi środkami wybuchowymi. Ta broń okazała się zresztą bardzo skuteczna. Nie mogła co prawda zniszczyć czołgu tak jak karabin przeciwpancerny, ale skutecznie go unieruchamiała. Wystarczyło rzucić butelkę pod gąsienicę tanka. Wybuch rozrywał jej napęd i blokował dalszą jazdę. Załoga musiała się wydostać prosto pod kule obrońców. A w wąskich zaułkach miasta wystarczyło unieruchomić jeden czołg, aby zablokować te, które jechały za nim.
Rozgniewani czołgiści wymyślili bestialski sposób na to, aby zapobiec takim „wybuchowym” niespodziankom. Wziętych do niewoli mieszkańców Grodna przywiązywali do czołgów, tworząc w ten sposób „żywe tarcze”. Najbardziej dramatyczny taki przypadek zrelacjonowała później grodzieńska nauczycielka: „Czołg staje tuż przede mną. Na łbie czołgu rozkrzyżowane dziecko, chłopczyk. Krew z jego ran płynie strużkami po żelazie. Zaczynamy z Danką uwalniać rozkrzyżowane gałganami ramiona chłopca. Nie zdaję sobie dokładnie sprawy, co się wokół dzieje. Z czołgu wyskakuje czarny tankista, a w dłoni brauning - grozi nam. Z sąsiedniego domu z podniesioną do góry pięścią wybiega młody Żyd, ochrypłym głosem krzyczy, o coś oskarża nas i chłopczyka. Dla mnie oni nie istnieją. Widzę tylko oczy dziecka pełne strachu, pełne męki. I widzę, jak uwolnione z więzów ramiona wyciągają się do nas z bezgraniczną ufnością. Wysoka Danka jednym ruchem unosi dziecko z czołgu i składa na nosze. Ja już jestem w jego głowach, chwytam nosze i pozostawiając oniemiałych naszym zuchwalstwem oprawców - uciekamy.
Chłopczyk ma pięć ran od kul karabinowych (wiem, to polskie kule sieką po wrogich czołgach) i silny upływ krwi, ale jest przytomny. W szpitalu otaczają go siostry, doktorzy, chorzy. - Chcę do mamy... - prosi dziecko. Nazywa się Tadeusz Jasiński, ma lat 13, jedyne dziecko Zofii Jasińskiej, służącej, nie ma ojca, wychowanek Zakładu Dobroczynności. Poszedł na bój, rzucił butelkę benzyny na czołg, ale nie zapalił... Nie umiał... Wyskoczyli, bili, chcieli zastrzelić, a potem skrępowali na łbie czołgu”. 13-letni Tadzik skonał na rękach matki, która zdążyła mu powiedzieć, że polska armia wraca, a ułani maszerują z chorągwiami i zaraz uderzą na Sowietów. „Żywe tarcze” to dziś symbol obrony Grodna i zarazem symbol sowieckiego bestialstwa. Relacje mieszkańców miasta, złożone wiele lat po wojnie, pełne są wstrząsających opisów. Wynika z nich, że sowieccy czołgiści zwyczajnie… rozjeżdżali ludność cywilną czołgami.
Udana ewakuacja
22 września głównodowodzący wojsk sowieckich generał pułkownik Iwan Nikołajewicz Bołdin zarządził szturm generalny. Przeździecki zdecydował się więc wykonać rozkaz Naczelnego Dowództwa i ewakuować miasto. Podał do wiadomości publicznej, że dalsza walka jest bezcelowa, może tylko zwiększyć liczbę ofiar i nakazuje się odwrót w stronę granicy z Litwą. Ten rozkaz wywołał konsternację. Część żołnierzy była gotowa walczyć do ostatniej kropli krwi. Polecenia posłuchała cywilna administracja miasta. Urzędnicy wraz z rodzinami, lekarze, nauczyciele, prawnicy pod osłoną nocy wyszli z miasta drogą na północ. Udana ewakuacja trwała aż do godzin rannych. Resztki obrońców zginęły w nierównej walce. Tego samego dnia krasnoarmiejcy zrzucili z ratusza polską flagę, a zawiesili w jej miejsce sowiecką. Miasto stało się areną mordów: pozostałych przy życiu polskich oficerów rozstrzeliwano na miejscu wbrew podpisanym przez ZSRR zobowiązaniom międzynarodowym. Historycy odnaleźli ciekawy zapis w Dzienniku Działań Bojowych 15. Korpusu Czołgów: „22.09. W tym dniu Grodno zostało ostatecznie oczyszczone z drobnych grupek polskich wojsk. W bojach o Grodno przeciwnik wykazał wielki upór, rozstrzeliwując bojców z okopów i strychów, obrzucając czołgi butelkami z benzyną. Przeciwnik poniósł wielkie straty: zabito 320 oficerów, 20 podoficerów i 194 szeregowców, duża liczba została rozjechana czołgami we wschodniej części miasta. Do niewoli wzięto: 38 oficerów, 20 podoficerów i 1477 szeregowców”. Przedostatnie zdanie wydaje się mało wiarygodne. Liczba zabitych oficerów jest nieproporcjonalnie wysoka. Prawdopodobnie autor wpisu chciał zakamuflować fakt, że polskich oficerów mordowano już po tym, gdy miasto było zdobyte.
Internowanie
Gdy w mieście nad Niemnem rozgrywały się dantejskie sceny, jego mieszkańcy, którzy posłuchali rozkazu Naczelnego Dowództwa, dotarli bezpiecznie do litewskiej granicy. Sowieckie jednostki, zajęte zdobywaniem miast, nie przeszkadzały im w tym. Tuż za granicą uciekających Polaków „przywitały” wojska litewskie. Uciekinierzy zostali internowani. Ludność cywilną później zwolniono, oficerów umieszczono w specjalnych obozach. Minęło kilka miesięcy i Armia Czerwona ruszyła na Litwę. Małe państewko zniknęło z mapy Europy, na którą powróciło dopiero ponad pół wieku później, po rozpadzie ZSRR. Sowieckie służby szybko upomniały się o polskich oficerów. To ich przecież tak bardzo nienawidził Stalin i to w nich upatrywał głównych przeciwników komunizmu.