Nie czekając na ich powrót – a zgoda Sztokholmu na jej pomysły nie była taka oczywista – rozpoczęła najbardziej misterną grę w swoim życiu. Początkowo nie zdradzała własnego stanowiska, ale z czasem opowiedziała się po stronie siostrzeńca. Udzielając mu poparcia, rzuciła na szalę cały swój autorytet, niebagatelne środki finansowe oraz obietnice godności i urzędów na Mazowszu tym, którzy go poprą. Umiejętnie zachwalała jego kandydaturę i korzyści płynące z sojuszu ze Szwecją. Nie wahała się także oświadczyć posłom cesarskim, po której stronie jest jej serce, oraz przełamać swą dumę i sprzymierzyć się z osobistym wrogiem Janem Zamoyskim. To ta dwójka jest odpowiedzialna za wybór Zygmunta Wazy na polski tron. Jak nieodpowiednia to była kandydatura, miał dopiero pokazać czas.
19 sierpnia 1587 r. szlachta okrzyknęła królem Zygmunta Wazę. Anna triumfowała i ze wzruszeniem przysłuchiwała się uroczystemu Te Deum w kościele św. Jana. Spełniało się jej marzenie przekazania władzy siostrzeńcowi – Jagiellonowi po kądzieli. Marzenie trwania rodu, którego była ostatnią gałązką. Z pewnością liczyła też na to, że stanie się mentorką młodego „Zysia”. Czas jednak nie pozwalał rozpływać się w marzeniach. Trzeba było działać. Najpierw nakłoniono posłów szwedzkich do podpisania pactów conventów. Należało także przeciwdziałać opozycji, która wcale nie złożyła broni. 22 sierpnia władcą okrzyknięto Maksymiliana. Anna jednak czuwała. Nie wpuściła zwolenników arcyksięcia do miasta.
