Ich obecność spotkała się od razu z kontrakcją ze strony królewskich faworytów: Zamoyskiego, wojewody podolskiego Mikołaja Mieleckiego i Andrzeja Opalińskiego. Odpowiednio odmalowywali obraz królowej i jej matki. Zaczęły krążyć plotki, że król boi się trucizny z jej ręki. Zamoyski wraz z biskupami Stanisławem Karnkowskim i Piotrem Myszkowskim próbowali nakłonić monarchę do idei zwołania synodu prowincjonalnego, który by unieważnił królewskie małżeństwo i pozwolił na powtórny ożenek. Sprawa była wagi państwowej. Szło przecież o wyczekiwanego potomka i następcę tronu. Batory postąpił jednak honorowo. „Zaklął się uroczyście, że prędzej by życie poświęcił, niż na rozwód pozwolił”. Gest ten przyjemnie połechtał królową i spowodował zmianę jej stanowiska wobec króla. Musiała jednak przełknąć gorzką pigułkę, którą była konieczność uczestnictwa w ślubie Zamoyskiego z Gryzeldą Batorówną w Krakowie w 1583 r.
Królowa z czasem stawała się coraz bardziej zrzędliwa. Popadała w skrajne nastroje. Z wesołości w dewocyjną wręcz religijność. Swymi złośliwymi docinkami mocno dawała się we znaki. Jednocześnie podupadała na zdrowiu. Nie wtrącając się w sprawy państwa, pilnie gospodarowała na swych mazowieckich włościach.
Ostatnie lata życia Batorego upłynęły Annie na pozornej bezczynności. Knuła jednak skomplikowaną intrygę. Na polskim tronie widziała Wazów – Jagiellonów po kądzieli. Najpierw chciała ożenić Annę Wazównę z arcyksięciem Maksymilianem, który w ten sposób ułatwiłby sobie drogę do tronu polskiego. Kiedy to okazało się niemożliwe, zaczęła lansować kandydaturę królewicza szwedzkiego Zygmunta Wazy. Wszystko to robiła kobieta o dziesięć lat starsza od męża! Wszystkie znaki zdawały się zwiastować, że to ona pierwsza pożegna się ze światem. Ale jak to często bywa, kiedy żona choruje, umiera mąż. Tak było i tym razem.
