Dowódcą jednostki wywiadowczej w Pearl Habor był kmdr Joe Rochefort. To on wykrył, że Japończycy zaatakują Port Moresby, to on wreszcie ustalił, że ich następnym celem będzie atol Midway, leżący 450 mil morskich na zachód od Hawajów. Znajdowało się tam lotnisko, stacje radiolokacyjne i zbiorniki z paliwem; strzeżone przez 3 tys. amerykańskich żołnierzy i 37 samolotów.
Adm. Yamamoto od trzech miesięcy planował inwazję na ten najdalej wysunięty na zachód punkt oporu Amerykanów na Pacyfiku. Przy okazji chciał osiągnąć znacznie ambitniejszy cel – zwabić w pobliże Midway główne siły Floty Pacyfiku i zniszczyć je w walnej bitwie.