Sądzić można, że zadaniem jednostki, która 2 czerwca wyszła z hiszpańskiej bazy Rota, było monitorowanie łączności walczących stron oraz przeprowadzenie rozpoznania ich systemów radiolokacyjnych. „Liberty” nie posiadał specjalnych znaków przynależności państwowej poza banderą, która nie rozwinęła się. W godzinach przedpołudniowych nad okrętem trzykrotnie przeleciały izraelskie samoloty myśliwsko-bombowe.
Jednostka amerykańska została – jak twierdziły potem władze Izraela – błędnie zidentyfikowana jako egipski transportowiec wojskowy „El Quesir”, w związku z czym podjęto decyzję o jego zaatakowaniu. Do zadania tego wydzielono parę samolotów myśliwsko-bombowych.
Pierwszy atak przeprowadzono ok. godziny 14. Samoloty sześciokrotnie atakowały okręt, ostrzeliwując go niekierowanymi pociskami rakietowymi i z broni pokładowej. Następnie „Liberty” zaatakowały torpedami trzy izraelskie kutry torpedowe. Jedna torpeda trafiła w cel, wyrywając na śródokręciu dziurę o średnicy 4 m. Mimo rozległych uszkodzeń amerykański okręt dotarł na Maltę. 34 marynarzy zginęło, a 75 odniosło rany. Incydent załagodzono kanałami dyplomatycznymi. Izrael prócz wystosowania oficjalnych przeprosin wypłacił również odszkodowania rodzinom zabitych oraz rannym o łącznej wysokości 3 325 500 USD.
