Wileńska gmina żydowska zdobyła dominującą pozycję w Sejmie Żydów Litewskich. Miasto stało się jednym z najważniejszych, obok Lublina i Krakowa, centrów nauki talmudycznej. Do najwybitniejszych uczonych tego okresu należał Elijahu ben Szlomo Zalman (1720 – 1797), zwany Wielkim Gaonem. Pochodził z rodziny o tradycjach rabinackich. W młodości w nauce korzystał z pomocy ojca. Nie studiował, jak inni, w jesziwach. W wieku niespełna siedmiu lat wygłosił swój pierwszy wykład talmudyczny w Wielkiej Synagodze wileńskiej. Studiował też Kabałę, interesował się naukami ścisłymi (matematyka, astronomia, geometria), gramatyką, zoologią, botaniką, geografią i medycyną. Po odbyciu w wieku 25 lat podróży po Europie (kraje niemieckie, Austria) rozpoczął iście ascetyczny tryb życia, poświęcając się całkowicie studiowaniu Tory.
Wielki Gaon zainicjował studia nad Biblią i Talmudem oparte na śledzeniu paralel, cytatów i wersji tekstów, dzięki czemu uznany został za ojca krytyki talmudycznej
Legenda o Wielkim Gaonie mówi, że sypiał tylko dwie godziny na dobę, a gdy sen morzył mu oczy, kazał podawać sobie misę z zimną wodą, w której moczył nogi. Całe dnie spędzał w zamkniętym pokoju z zasłoniętymi storami i przy świetle lampy naftowej ubrany w tałes i tefilin studiował święte księgi. Nie rozmawiał też o niczym, co nie dotyczyłoby Tory. W wieku 30 lat był już sławny w całym świecie żydowskim jako największy autorytet judaizmu rabinicznego.
W 1780 r. założył w Wilnie słynną elitarną szkołę, w której pracował z niewielką grupą uzdolnionych uczniów. W swej szkole kładł nacisk na znajomość języka hebrajskiego i studia biblijne jako poprzedzające studiowanie i poznawanie Talmudu. Jako uczony odrzucał tradycyjną metodę studiowania – pilpul. Zainicjował studia nad Biblią i Talmudem oparte na śledzeniu paralel, cytatów i wersji tekstów, dzięki czemu uznany został za ojca krytyki talmudycznej. Położył podwaliny pod tzw. racjonalizm litewski w naukach talmudycznych. Pozostawił po sobie około 70 dzieł, z których 50 zostało wydanych już po śmierci. Jednym z jego uczniów był Abraham ben Jechiel Michael Dancig (1748 – 1820), pochodzący z Gdańska autor ważnego dla Żydów aszkenazyjskich komentarza do dzieła Józefa Karo „Szulchan Aruch” zawierającego przepisy prawa religijnego.
Wielki Gaon był zdecydowanym przeciwnikiem chasydyzmu. Zdołał skupić wokół siebie liczne grono mitnagdów (hebr. mitnagdim – przeciwnicy), zwolenników tradycyjnego judaizmu. Występowali oni przeciwko chasydom, zarzucając im, że „odrzucają studiowanie Tory na rzecz fikania koziołków i biegania półnago po ulicach w ramach szczerej i spontanicznej służby Bogu”. W 1772 i 1781 r. Gaon złożył swój podpis pod klątwą (cherem) wykluczającą litewskich zwolenników nauki Baal Szem Towa ze wspólnoty żydowskiej. Mimo tak drastycznego postępowania nie udało się zapobiec rozprzestrzenieniu chasydyzmu na Litwie. Klątwę powtórzono następnie w innych miastach litewskich, a nawet w Koronie.
