Często Żydzi osadzani byli także w miastach prywatnych, postrzegani przez ich właścicieli jako czynnik korzystnie wpływający na ożywienie gospodarcze. Miasta były siedzibą władz gminnych oraz centrum żydowskiego życia religijno-społecznego, koncentrującego się wokół synagogi i innych miejsc użytku publicznego.
Prawa nadane Żydom w przywilejach gminnych napotykały nieraz sprzeciw mieszczan. Władze miejskie proponowały szereg ograniczeń wobec Żydów. Pierwsza grupa postulatów dotyczyła mieszkania w mieście. Najostrzejszym ograniczeniem był przywilej de non tolerandis Judaeis, który oznaczał usunięcie Żydów poza mury miejskie i dopuszczenie do handlu jedynie podczas targów i jarmarków (a w Warszawie także w czasie sejmów). W praktyce posiadanie przez miasto przywileju de non tolerandis Judaeis nie musiało oznaczać braku w nim Żydów. Przyczyną tego było nierespektowanie praw, a także osiadanie Żydów na przedmieściach i w jurydykach (prywatnych posiadłościach na terenie miast). Przykładem tego może być Warszawa, posiadająca od 1527 r. przywilej de non tolerandis Judaeis, na terenie której w drugiej połowie XVIII w. znajdowało się najliczniejsze skupisko Żydów w kraju, liczące około 5000 osób i stanowiące 8 proc. ogółu mieszkańców miasta.
Władze miast starały się także ograniczyć liczbę swoich żydowskich mieszkańców. Wyznaczały limit domów, które Żydzi mogli posiadać, nakazywały im zamieszkiwać wyłącznie na jednej ulicy czy w dzielnicy żydowskiej, nie oznaczało to jednak istnienia w miastach Rzeczypospolitej wydzielonych dzielnic, skupiających wyłącznie ludność żydowską, które można by nazwać gettem. Domy żydowskie były przemieszane z chrześcijańskimi, a Żydzi zamieszkiwali także w domach należących do chrześcijan.
Druga grupa ograniczeń wobec Żydów dotyczyła handlu. Władze miejskie domagały się zakazania Żydom handlu detalicznego, ograniczenia handlu hurtowego, usunięcia sklepów i magazynów żydowskich z rynku i głównych ulic, zepchnięcia Żydów na przedmieścia lub do wydzielonych dzielnic, zmuszenia do otwierania sklepów jedynie podczas targów i jarmarków, zakazania utrzymywania składów towarów w swoich domach, a także zakazania handlu obnośnego oraz podkupywania towarów.
Trzecim postulatem wysuwanym przez władze miejskie było podporządkowanie Żydów sądownictwu miejskiemu. Odrębny status prawny powodował, że Żydzi podlegali własnemu sądownictwu, a przy sporach z chrześcijanami, a także przy apelacji od wyroków sądów żydowskich zwracali się do wojewody lub właściciela terenu. Zdarzało się jednak, że miastom udawało się uzyskać podporządkowanie Żydów swojej jurysdykcji, czego przykładem może być uzyskanie w 1541 r. przez Lublin przywileju poddającego tamtejszych Żydów sądownictwu rady miejskiej.
