Pobyt w klasztorze trwał 13 lat. W tym czasie Frank dopracował swoją doktrynę. Celem jego działań było uwolnienie Szechiny ukrytej w obrazie Matki Boskiej Częstochowskiej, która, przejmując jego ciało jako ucieleśniony Bóg, miała kontynuować dzieło zbawienia i prowadzić do Boga. Zbawienie zaś nastąpić miało w chwili połączenia się Panny-Szechiny ze świętym błogosławionym. Oznaczało to, że Frank negował słowa swoich poprzedników – Sabbataja i Baruchji Ruso, którzy twierdzili, że podnieśli Szechinę i połączyli się z nią, stając się wcielonym Bogiem.
Przebywając w klasztorze jasnogórskim, Jakub Frank przy pomocy pośredników rozpoczął rozmowy z Moskwą, których celem było uzgodnienie warunków przejścia frankistów na prawosławie. Być może sądził, że przyjęcie prawosławia pozwoliłoby zjednoczyć wszystkie sekty sabbataistyczne. Dotychczas sabbatajczycy z Bałkanów nie chcieli się zgodzić na chrzest katolicki, ale może łatwiej daliby się przekonać do obrządku prawosławnego. Rokowania jednak zakończyły się fiaskiem.
W 1773 r., po interwencji wojsk rosyjskich, które zwalczały konfederację barską, Frank został uwolniony z Jasnej Góry. Nie mógł pozostać w Polsce, ponieważ nadal obowiązywał ważny wyrok sądu. Wyjechał więc na tereny Habsburgów, udając się do Brna na Morawach. Cesarzowa Maria Teresa potraktowała go jako misjonarza Żydów i otoczyła protekcją.
Frank pobyt w Brnie uzasadniał troską o wychowanie córki Ewy. Zamierzał dać jej wykształcenie i „wprowadzić w świat”. Istnieją pogłoski o romansie Ewy z synem Marii Teresy, późniejszym cesarzem Józefem. Mając przychylność dworu habsburskiego, Frank miał nadzieję na stworzenie dla swoich zwolenników jakiegoś autonomicznego państewka w granicach cesarstwa austriackiego. Z tą myślą tworzył nawet w Brnie oddziały wojskowe i organizował ich ćwiczenia.
Józef, objąwszy tron cesarski, zmienił politykę matki i nakazał Frankowi opuszczenie ziem cesarstwa Habsburgów. W 1786 r. Jakub Frank wydzierżawił od księcia Wolfganga Ernsta II von Isenburg pałac w miejscowości Offenbach w pobliżu Frankfurtu nad Menem i tam osiadł, tworząc pierwszy i największy dwór swoich zwolenników.
