W tym momencie zwycięstwo zostało zaprzepaszczone. Nie konsultując się z Hunyadim, nie czekając, aż będzie możliwy atak wszystkimi oddziałami, król Władysław wydał swym chorągwiom rozkaz natarcia. Zarówno współcześni wydarzeniom, jak i historycy gubią się w domysłach, dlaczego podjął tę zgubną decyzję. Część badaczy uważa, że w wirze bitwy młody, niedoświadczony władca błędnie ocenił sytuację. Jednak zdecydowana większość twierdzi, że poniosła go pycha – chciał zdobyć laur zwycięzcy i zepchnąć w cień faktycznego architekta niedoszłej wiktorii Jana Hunyadiego. Bezsilny wódz widział zapewne, jak stosunkowo niewielki oddział króla zostaje otoczony przez bitnych, świetnie wyszkolonych janczarów i po krótkiej walce wycięty do nogi. Władysław nie mógł wyjść z tego żywy i padł obok swych podkomendnych. Wiadomość o śmierci władcy szybko dotarła do oddziałów chrześcijańskich i wywołała popłoch. Hunyadiemu z trudem udało się zapanować nad sytuacją. Według relacji zagrzewał załamane wojsko do walki okrzykiem: „Nie przyszliśmy tu walczyć dla króla, lecz za wiarę!”. Poderwał je do ostatniego natarcia, by odbić królewskie zwłoki. Atak jednak się załamał. Wobec zapadającego zmroku wydał rozkaz odwrotu. Prawie nieatakowany przez Turków wyprowadził z pobojowiska dużą część krzyżowców.
Inni nie mieli tyle szczęścia. Rankiem po krótkim oblężeniu Turcy zdobyli tabor i zaczęli pościg za niedobitkami. W niejasnych okolicznościach zginął kardynał Cesarini – podżegacz wojenny, który walnie przyczynił się do warneńskiej klęski.
Jak zwykle w przypadku średniowiecznej bitwy niezwykle trudno oszacować straty po obu stronach. Bardzo prawdopodobne, że w walce zginęło więcej żołnierzy sułtana, ale procentowo wyższe straty poniosła armia chrześcijańska. Badacze szacują, że pod Warną krucjata straciła czwartą lub piątą część swych wojsk, czyli 4 – 5 tys. ludzi. Wśród zabitych było wielu Polaków walczących w chorągwi nadwornej Władysława Jagiellończyka. Nie jesteśmy w stanie jednak ustalić nawet orientacyjnej ich liczby. Źródła z epoki zanotowały zaledwie kilka imion poległych. Był wśród nich m.in. Stanisław z Rożnowa, syn Zawiszy Czarnego.
