W czasie dwóch nieudanych najazdów mongolskich (1274 i 1281) zetknęli się z zupełnie odmienną taktyką pola walki. Wojownicy japońscy nie byli przyzwyczajeni do walki zespołowej, jak najeźdźcy, lecz walczyli w szyku rozproszonym, gdzie każdy samuraj mógł wykazać się indywidualnymi zdolnościami.
Kolejne niespodzianki przyniósł okres sengoku. W drugiej połowie XVI wieku powszechne stało się użycie broni palnej. Miała ona przewagę nad łukiem. Wyszkolenie strzelca trwało znacznie krócej i było mniej skomplikowane. Panowie feudalni coraz częściej zaciągali chłopskie jednostki pomocnicze – strzelców ashigaru. Ta nowa, groźna broń wymusiła zmianę taktyki walki. Bitwy stały się teraz bardziej masowe (uczestniczyło w nich po kilkadziesiąt tysięcy żołnierzy lub więcej), jeszcze bardziej krwawe niż kiedyś, a dowódcy, którzy starym zwyczajem wysuwali się zbytnio naprzód, często ginęli lub odnosili rany. Przełomowa okazała się wspomniana wyżej bitwa pod Nagashino (1575), podczas której Oda Nobunaga użył 3 tys. muszkieterów ustawionych za palisadą i dzięki tzw. kontrmarszowi (czyli nieustannemu ogniowi prowadzonemu przez zmieniające się szeregi strzelców) niemalże rozstrzelał jazdę klanu Takeda.
Kolejnym efektem wprowadzenia broni palnej była zmiana w budownictwie obronnym Japonii – budowane dotychczas zamki, będące niedużymi warowniami drewniano-ziemnymi wzniesionymi w górach, ustąpiły miejsca położonym na równinach potężnym fortecom, otoczonym przez fosy i mury odporne na ostrzał.
XVII wiek to okres ostatecznego zamknięcia się grupy samurajów oraz krystalizacji bushid? (dosł. „droga samuraja”) – kodeksu honorowego wojowników. Do tej pory na jego założenia składały się legendy i opowieści średniowiecznej Japonii, traktaty filozoficzne wielkich wojowników, prawa feudalnych władców oraz instrukcje pozostawiane dla potomnych. W tym czasie powstały zaś kanoniczne dzieła, jak np. „Księga pięciu kręgów”, najsłynniejszego japońskiego szermierza Miyamoto Musashiego, który prawdopodobnie brał udział w bitwie pod Sekigaharą. Oparte na filozofii konfucjańskiej bushid? najwyżej stawiało takie cechy charakteru, jak lojalność i oddanie swemu panu, heroizm, duma i opanowanie. Miało jednak także ciemne strony, np. nadmierne okrucieństwo.
