Dzięki protestom polskiej kadry dowódczej udało się powstrzymać ten proces w stosunku do co najmniej 300 oficerów. Niestety, los szeregowców okazał się bardziej okrutny. Pod koniec 1940 roku kilkadziesiąt tysięcy z nich zwolniono do domów, aby później jako cywilów przewieźć do gett i obozów koncentracyjnych. Żołnierzy zwalniano do cywila, aby uniknąć oskarżeń o łamanie konwencji genewskiej regulującej prawa jeńców wojennych. Szacuje się, że mimo tych wybiegów w latach 1940 – 1943 wymordowano ok. 3 tys. umundurowanych żołnierzy i podoficerów.
Zachowały się m.in. relacje o losie ok. 2,5 tys. żołnierzy z obozu przy ulicy Lipowej w Lublinie. Dzięki niezłomnej postawie mieli oni zachować mundury Wojska Polskiego. Wkrótce stworzyli zręby konspiracji i rozpoczęli gromadzenie broni. Miano nawet ułożyć plany powstania zbrojnego. W ciągu kilku miesięcy zorganizowano kilka ucieczek; ok. 40 uciekinierów utworzyło grupę partyzancką w lasach niedaleko Janowa Lubelskiego. Ale w październiku 1942 r. zostali oni otoczeni, prawdopodobnie przez oddział GL Grzegorza Korczyńskiego, i wymordowani.
Ostatecznie niemal wszyscy żołnierze z Lipowej stali się ofiarami słynnej akcji „Erntefest” („Dożynki”) mającej na celu likwidację Żydów lubelskich, przeprowadzonej 3 listopada 1943 r. Podczas marszu kolumny na Majdanek doszło do buntu i walki ze strażnikami. Wybuchła uliczna strzelanina. Niewielkiej części jeńców udało się zbiec. Reszta została zamordowana wraz z niemal 18 tys. żydowskich cywilów.