Ustalenia tam podjęte stały się podstawą masowych deportacji ludności żydowskiej z całej Europy do obozów zlokalizowanych na okupowanych ziemiach polskich oraz dalszej rozbudowy aparatu ludobójstwa. Zgodnie z podjętymi ustaleniami nastąpić miała „akcja oczyszczania” Europy z ludności żydowskiej, którą zamierzano dokonać przez deportację – jak twierdzono – do pracy oraz „odpowiednie traktowanie”, czyli wyniszczenie Żydów w obozach koncentracyjnych i ośrodkach zagłady (Vernichtungslager).
Odpowiedzialność za realizację tego programu w Generalnym Gubernatorstwie przejął wyższy dowódca SS i policji w Lublinie Odilo Globocnik. „Ostateczne rozwiązanie kwestii żydowskiej” w Generalnym Gubernatorstwie otrzymało kryptonim „Aktion Reinhard”, pod pojęciem którego rozumiano nie tylko wymordowanie Żydów, ale także rabunek ich mienia.
W lipcu 1942 r. Rada Narodowa w Londynie występuje z apelem do aliantów o ukrócenie zbrodni hitlerowskich, wskazując, że Niemcy chcą prawdopodobnie wymordować wszystkich Żydów w Europie, oraz ujawnia nazwy obozów zagłady w Sobiborze i Bełżcu
Od marca do czerwca 1942 r. ukończono budowę trzech ośrodków natychmiastowej zagłady, w Bełżcu, Sobiborze i Treblince. Zlokalizowano je w dystryktach lubelskim i warszawskim, gdzie planowano dokonać likwidacji Żydów z Generalnego Gubernatorstwa. Od wczesnej wiosny 1942 r. ofiary z gett gnano na okoliczne stacje kolejowe i w bydlęcych wagonach (po 80, 100, 120 osób) transportowano do ośrodków zagłady. Prosto z wagonów dojeżdżających do specjalnych bocznic kolejowych wypędzano Żydów na tzw. plac przyjęć, gdzie odbierano im podręczny bagaż i ubranie oraz oddzielano kobiety i dzieci od mężczyzn. Nieliczni silni i zdrowi mężczyźni mieli szansę przeżyć jeszcze kilka dni lub kilka tygodni, bo wykorzystywano ich do katorżniczej pracy, po czym mordowano. Pozostałych (dzieci, kobiety, osoby starsze lub chore) personel obozowy prowadził do tak zwanych łaźni, które w rzeczywistości były komorami gazowymi. Tu mordowani byli gazem spalinowym wytwarzanym przez czołgowe silniki Diesla.Do końca 1943 r. zabito: w Chełmnie nad Nerem 250 tys. Żydów, w Bełżcu – 500 tys., w Sobiborze – co najmniej 150 tys., w Treblince – 870 tys. Od lata 1942 r. funkcję ośrodka zagłady Żydów pełnił też istniejący od października 1941 r. obóz na Majdanku w Lublinie. Według najnowszych ustaleń historyków do 1944 r. poniosło tu śmierć około 80 tys. ludzi różnych narodowości, w tym 60 tys. Żydów.
